Stora Skraggen är en ö i fjärden Stora Värtan i Stockholms innersta skärgård. Ön, som bara är 9,5 hektar stor, ligger tillsammans med flera andra små öar, bland dem Lilla Skraggen, Limpholmarna, Västerskär, Svalnäsholmen, Råholmen och Storholmen, norr om Lidingö och utanför Djursholm. Ön ligger i Danderyds kommun och ägs till största delen av kommunen.