สถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำกรุงเทพมหานคร ก่อตั้งครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2483 บริเวณแผนกทดลองเพาะเลี้ยง เกษตรกลาง บางเขน เป็นเรือนไม้ชั้นเดียวรูปโดมมีปีกสองข้าง ในระยะแรกมีตู้กระจกเลี้ยงปลาขนาดประมาณ 1 ลูกบาศก์เมตร จำนวน 20 ตู้ โดยปลาที่นำมาแสดงเป็นปลาน้ำจืดที่นิยมเลี้ยงและมีความสำคัญทางเศรษฐกิจ ต่อมาเกิดการชำรุดทรุดโทรมและคับแคบลง กรมประมงจึงดำริที่จะสร้างสถานแสดงพันธุ์ปลาขึ้นใหม่ โดยใน พ.ศ. 2516 ได้มีความตกลงร่วมมือระหว่างรัฐบาลไทยและรัฐบาลแคนนาดาในการจัดตั้งสถาบันประมงน้ำจืดแห่งชาติ โครงการก่อสร้างสถานแสดงพันธุ์ปลาน้ำจืดแห่งใหม่จึงได้ผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของสถาบันประมงน้ำจืดแห่งชาติด้วย