ในปัจจุบันเมืองหลวงแห่งอียิปต์ คือ กรุงไคโร แต่อย่างไรก็ตามในประวัติศาสตร์ มีการย้ายเมืองหลวงของอียิปต์จำนวนหลายครั้ง
- ธินิส (3150 ปีก่อนคริสตกาล – 2686 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่หนึ่งและสอง
- เมมฟิส (2686 ปีก่อนคริสตกาล – 2160 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สามถึงแปด
- เฮราคลีโอโพลิส มักนา (2160 ปีก่อนคริสตกาล – 2040 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่เก้าและสิบ
- ธีบส์ (2135 ปีก่อนคริสตกาล – 1985 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สิบเอ็ด
- อิทจ์ทาวี (1985 ปีก่อนคริสตกาล – ป. 1700 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สิบสองและสิบสาม
- อะวาริส (1725 ปีก่อนคริสตกาล – 1550 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สิบสี่และสิบห้า (ฮิกซอส)
- ธีบส์ (ป. 1700 ปีก่อนคริสตกาล – ป. 1353 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สิบหกและราชวงศ์ที่สิบแปดก่อนหน้ารัชสมัยฟาโรห์อะเคนอาเตน
- อะเคตอาเตน (ป. 1353 ปีก่อนคริสตกาล – ป. 1332 ปีก่อนคริสตกาล) – ฟาโรห์อะเคนอาเตนแห่งราชวงศ์ที่สิบแปด
- ธีบส์ (ป. 1332 ปีก่อนคริสตกาล – 1279 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สิบแปดและราชวงศ์ที่สิบเก้าจนถึงรัชสมัยฟาโรห์เซติที่ 1
- ไพ-ราเมสเซส (1279 ปีก่อนคริสตกาล – 1078 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สิบเก้าจนถึงรัชสมัยฟาโรห์ราเมสเซสที่ 2 และราชวงศ์ที่ยี่สิบ
- ทานิส (1078 ปีก่อนคริสตกาล – 945 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบเอ็ด
- บูบาสทิส/ทานิส (945 ปีก่อนคริสตกาล – 715 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบสอง
- ลีออนโทโพลิส/ธีบส์ (818 ปีก่อนคริสตกาล – 715 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบสาม
- ซาอิส (725 ปีก่อนคริสตกาล – 715 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบสี่
- เมมฟิส (715 ปีก่อนคริสตกาล – 664 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบห้า (ผู้ปกครองชาวคูชมีศูนย์กลางอำนาจอยู่ที่เมืองแนปาตา ประเทศซูดาน แต่ทรงปกครองอียิปต์จากเมืองเมมฟิส)
- ซาอิส (664 ปีก่อนคริสตกาล – 525 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบหก
- เมมฟิส (525 ปีก่อนคริสตกาล – 404 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบเจ็ด (มณฑลอียิปต์ครั้งที่หนึ่งของจักรวรรดิอะคีเมนิด)
- ซาอิส (404 ปีก่อนคริสตกาล – 399 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบแปด
- เมนเดส (399 ปีก่อนคริสตกาล – 380 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่ยี่สิบเก้า
- เซเบนนิตอส (380 ปีก่อนคริสตกาล – 343 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สามสิบ
- เมมฟิส (343 ปีก่อนคริสตกาล – 332 ปีก่อนคริสตกาล) – ราชวงศ์ที่สามสิบเอ็ด (มณฑลอียิปต์ครั้งที่สองของจักรวรรดิอะคีเมนิด)
- อะเล็กซานเดรีย (332 ปีก่อนคริสตกาล – ค.ศ. 641) – สมัยกรีก-โรมัน
นับตั้งแต่การพิชิตอียิปต์ของชาวมุสลิมในปี ค.ศ. 641 อียิปต์ก็ถูกปกครองจากการตั้งถิ่นฐานที่ตั้งอยู่ในบริเวณกรุงไคโรเก่าในปัจจุบัน ดังต่อไปนี้
- ฟุสฏ็อฏ (ค.ศ. 641 – ค.ศ. 750)
- อัลอัสคัร (ค.ศ. 750 – ค.ศ. 868)
- อัลเกาะฏออิ (ค.ศ. 868 – ค.ศ. 905)
- ฟุสฏ็อฏ (ค.ศ. 905 – ค.ศ. 972)
- ไคโร เมืองหลวงปัจจุบันตั้งแต่ปี ค.ศ. 972