Ang Ilog San Juan ay isa sa mga pangunahing sistema ng ilog sa Kalakhang Maynila, Pilipinas, at isang pangunahing sanga ng Ilog Pasig. Nagsisimula ito malapit sa La Mesa Dam bilang Ilog San Francisco del Monte, na opisyal na kumukuha ng pangalan ng San Juan River kapag nakakatugon ito sa Mariblo Creek sa Lungsod ng Quezon. Bilang Ilog San Juan, dumadaan ito sa Lungsod ng Quezon, San Juan, ang distrito ng Maynila at Santa Mesa at Mandaluyong.