Аполіпопротеїн B

Аполіпоротеїн B (англ. Apolipoprotein B) – білок, який кодується геном APOB, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 4 563 амінокислот, а молекулярна маса — 515 605^[5].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDPPRPALLA		LLALPALLLL		LLAGARAEEE		MLENVSLVCP		KDATRFKHLR
KYTYNYEAES		SSGVPGTADS		RSATRINCKV		ELEVPQLCSF		ILKTSQCTLK
EVYGFNPEGK		ALLKKTKNSE		EFAAAMSRYE		LKLAIPEGKQ		VFLYPEKDEP
TYILNIKRGI		ISALLVPPET		EEAKQVLFLD		TVYGNCSTHF		TVKTRKGNVA
TEISTERDLG		QCDRFKPIRT		GISPLALIKG		MTRPLSTLIS		SSQSCQYTLD
AKRKHVAEAI		CKEQHLFLPF		SYKNKYGMVA		QVTQTLKLED		TPKINSRFFG
EGTKKMGLAF		ESTKSTSPPK		QAEAVLKTLQ		ELKKLTISEQ		NIQRANLFNK
LVTELRGLSD		EAVTSLLPQL		IEVSSPITLQ		ALVQCGQPQC		STHILQWLKR
VHANPLLIDV		VTYLVALIPE		PSAQQLREIF		NMARDQRSRA		TLYALSHAVN
NYHKTNPTGT		QELLDIANYL		MEQIQDDCTG		DEDYTYLILR		VIGNMGQTME
QLTPELKSSI		LKCVQSTKPS		LMIQKAAIQA		LRKMEPKDKD		QEVLLQTFLD
DASPGDKRLA		AYLMLMRSPS		QADINKIVQI		LPWEQNEQVK		NFVASHIANI
LNSEELDIQD		LKKLVKEALK		ESQLPTVMDF		RKFSRNYQLY		KSVSLPSLDP
ASAKIEGNLI		FDPNNYLPKE		SMLKTTLTAF		GFASADLIEI		GLEGKGFEPT
LEALFGKQGF		FPDSVNKALY		WVNGQVPDGV		SKVLVDHFGY		TKDDKHEQDM
VNGIMLSVEK		LIKDLKSKEV		PEARAYLRIL		GEELGFASLH		DLQLLGKLLL
MGARTLQGIP		QMIGEVIRKG		SKNDFFLHYI		FMENAFELPT		GAGLQLQISS
SGVIAPGAKA		GVKLEVANMQ		AELVAKPSVS		VEFVTNMGII		IPDFARSGVQ
MNTNFFHESG		LEAHVALKAG		KLKFIIPSPK		RPVKLLSGGN		TLHLVSTTKT
EVIPPLIENR		QSWSVCKQVF		PGLNYCTSGA		YSNASSTDSA		SYYPLTGDTR
LELELRPTGE		IEQYSVSATY		ELQREDRALV		DTLKFVTQAE		GAKQTEATMT
FKYNRQSMTL		SSEVQIPDFD		VDLGTILRVN		DESTEGKTSY		RLTLDIQNKK
ITEVALMGHL		SCDTKEERKI		KGVISIPRLQ		AEARSEILAH		WSPAKLLLQM
DSSATAYGST		VSKRVAWHYD		EEKIEFEWNT		GTNVDTKKMT		SNFPVDLSDY
PKSLHMYANR		LLDHRVPQTD		MTFRHVGSKL		IVAMSSWLQK		ASGSLPYTQT
LQDHLNSLKE		FNLQNMGLPD		FHIPENLFLK		SDGRVKYTLN		KNSLKIEIPL
PFGGKSSRDL		KMLETVRTPA		LHFKSVGFHL		PSREFQVPTF		TIPKLYQLQV
PLLGVLDLST		NVYSNLYNWS		ASYSGGNTST		DHFSLRARYH		MKADSVVDLL
SYNVQGSGET		TYDHKNTFTL		SYDGSLRHKF		LDSNIKFSHV		EKLGNNPVSK
GLLIFDASSS		WGPQMSASVH		LDSKKKQHLF		VKEVKIDGQF		RVSSFYAKGT
YGLSCQRDPN		TGRLNGESNL		RFNSSYLQGT		NQITGRYEDG		TLSLTSTSDL
QSGIIKNTAS		LKYENYELTL		KSDTNGKYKN		FATSNKMDMT		FSKQNALLRS
EYQADYESLR		FFSLLSGSLN		SHGLELNADI		LGTDKINSGA		HKATLRIGQD
GISTSATTNL		KCSLLVLENE		LNAELGLSGA		SMKLTTNGRF		REHNAKFSLD
GKAALTELSL		GSAYQAMILG		VDSKNIFNFK		VSQEGLKLSN		DMMGSYAEMK
FDHTNSLNIA		GLSLDFSSKL		DNIYSSDKFY		KQTVNLQLQP		YSLVTTLNSD
LKYNALDLTN		NGKLRLEPLK		LHVAGNLKGA		YQNNEIKHIY		AISSAALSAS
YKADTVAKVQ		GVEFSHRLNT		DIAGLASAID		MSTNYNSDSL		HFSNVFRSVM
APFTMTIDAH		TNGNGKLALW		GEHTGQLYSK		FLLKAEPLAF		TFSHDYKGST
SHHLVSRKSI		SAALEHKVSA		LLTPAEQTGT		WKLKTQFNNN		EYSQDLDAYN
TKDKIGVELT		GRTLADLTLL		DSPIKVPLLL		SEPINIIDAL		EMRDAVEKPQ
EFTIVAFVKY		DKNQDVHSIN		LPFFETLQEY		FERNRQTIIV		VLENVQRNLK
HINIDQFVRK		YRAALGKLPQ		QANDYLNSFN		WERQVSHAKE		KLTALTKKYR
ITENDIQIAL		DDAKINFNEK		LSQLQTYMIQ		FDQYIKDSYD		LHDLKIAIAN
IIDEIIEKLK		SLDEHYHIRV		NLVKTIHDLH		LFIENIDFNK		SGSSTASWIQ
NVDTKYQIRI		QIQEKLQQLK		RHIQNIDIQH		LAGKLKQHIE		AIDVRVLLDQ
LGTTISFERI		NDILEHVKHF		VINLIGDFEV		AEKINAFRAK		VHELIERYEV
DQQIQVLMDK		LVELAHQYKL		KETIQKLSNV		LQQVKIKDYF		EKLVGFIDDA
VKKLNELSFK		TFIEDVNKFL		DMLIKKLKSF		DYHQFVDETN		DKIREVTQRL
NGEIQALELP		QKAEALKLFL		EETKATVAVY		LESLQDTKIT		LIINWLQEAL
SSASLAHMKA		KFRETLEDTR		DRMYQMDIQQ		ELQRYLSLVG		QVYSTLVTYI
SDWWTLAAKN		LTDFAEQYSI		QDWAKRMKAL		VEQGFTVPEI		KTILGTMPAF
EVSLQALQKA		TFQTPDFIVP		LTDLRIPSVQ		INFKDLKNIK		IPSRFSTPEF
TILNTFHIPS		FTIDFVEMKV		KIIRTIDQML		NSELQWPVPD		IYLRDLKVED
IPLARITLPD		FRLPEIAIPE		FIIPTLNLND		FQVPDLHIPE		FQLPHISHTI
EVPTFGKLYS		ILKIQSPLFT		LDANADIGNG		TTSANEAGIA		ASITAKGESK
LEVLNFDFQA		NAQLSNPKIN		PLALKESVKF		SSKYLRTEHG		SEMLFFGNAI
EGKSNTVASL		HTEKNTLELS		NGVIVKINNQ		LTLDSNTKYF		HKLNIPKLDF
SSQADLRNEI		KTLLKAGHIA		WTSSGKGSWK		WACPRFSDEG		THESQISFTI
EGPLTSFGLS		NKINSKHLRV		NQNLVYESGS		LNFSKLEIQS		QVDSQHVGHS
VLTAKGMALF		GEGKAEFTGR		HDAHLNGKVI		GTLKNSLFFS		AQPFEITAST
NNEGNLKVRF		PLRLTGKIDF		LNNYALFLSP		SAQQASWQVS		ARFNQYKYNQ
NFSAGNNENI		MEAHVGINGE		ANLDFLNIPL		TIPEMRLPYT		IITTPPLKDF
SLWEKTGLKE		FLKTTKQSFD		LSVKAQYKKN		KHRHSITNPL		AVLCEFISQS
IKSFDRHFEK		NRNNALDFVT		KSYNETKIKF		DKYKAEKSHD		ELPRTFQIPG
YTVPVVNVEV		SPFTIEMSAF		GYVFPKAVSM		PSFSILGSDV		RVPSYTLILP
SLELPVLHVP		RNLKLSLPDF		KELCTISHIF		IPAMGNITYD		FSFKSSVITL
NTNAELFNQS		DIVAHLLSSS		SSVIDALQYK		LEGTTRLTRK		RGLKLATALS
LSNKFVEGSH		NSTVSLTTKN		MEVSVATTTK		AQIPILRMNF		KQELNGNTKS
KPTVSSSMEF		KYDFNSSMLY		STAKGAVDHK		LSLESLTSYF		SIESSTKGDV
KGSVLSREYS		GTIASEANTY		LNSKSTRSSV		KLQGTSKIDD		IWNLEVKENF
AGEATLQRIY		SLWEHSTKNH		LQLEGLFFTN		GEHTSKATLE		LSPWQMSALV
QVHASQPSSF		HDFPDLGQEV		ALNANTKNQK		IRWKNEVRIH		SGSFQSQVEL
SNDQEKAHLD		IAGSLEGHLR		FLKNIILPVY		DKSLWDFLKL		DVTTSIGRRQ
HLRVSTAFVY		TKNPNGYSFS		IPVKVLADKF		IIPGLKLNDL		NSVLVMPTFH
VPFTDLQVPS		CKLDFREIQI		YKKLRTSSFA		LNLPTLPEVK		FPEVDVLTKY
SQPEDSLIPF		FEITVPESQL		TVSQFTLPKS		VSDGIAALDL		NAVANKIADF
ELPTIIVPEQ		TIEIPSIKFS		VPAGIVIPSF		QALTARFEVD		SPVYNATWSA
SLKNKADYVE		TVLDSTCSST		VQFLEYELNV		LGTHKIEDGT		LASKTKGTFA
HRDFSAEYEE		DGKYEGLQEW		EGKAHLNIKS		PAFTDLHLRY		QKDKKGISTS
AASPAVGTVG		MDMDEDDDFS		KWNFYYSPQS		SPDKKLTIFK		TELRVRESDE
ETQIKVNWEE		EAASGLLTSL		KDNVPKATGV		LYDYVNKYHW		EHTGLTLREV
SSKLRRNLQN		NAEWVYQGAI		RQIDDIDVRF		QKAASGTTGT		YQEWKDKAQN
LYQELLTQEG		QASFQGLKDN		VFDGLVRVTQ		EFHMKVKHLI		DSLIDFLNFP
RFQFPGKPGI		YTREELCTMF		IREVGTVLSQ		VYSKVHNGSE		ILFSYFQDLV
ITLPFELRKH		KLIDVISMYR		ELLKDLSKEA		QEVFKAIQSL		KTTEVLRNLQ
DLLQFIFQLI		EDNIKQLKEM		KFTYLINYIQ		DEINTIFSDY		IPYVFKLLKE
NLCLNLHKFN		EFIQNELQEA		SQELQQIHQY		IMALREEYFD		PSIVGWTVKY
YELEEKIVSL		IKNLLVALKD		FHSEYIVSAS		NFTSQLSSQV		EQFLHRNIQE
YLSILTDPDG		KGKEKIAELS		ATAQEIIKSQ		AIATKKIISD		YHQQFRYKLQ
DFSDQLSDYY		EKFIAESKRL		IDLSIQNYHT		FLIYITELLK		KLQSTTVMNP
YMKLAPGELT		IIL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Аполіпопротеїн B
Ідентифікатори
Символи	APOB, FLDB, LDLCQ4, apoB-100, apoB-48, apolipoprotein B, FCHL2
Зовнішні ІД	OMIM: 107730 MGI: 88052 HomoloGene: 328 GeneCards: APOB
Пов'язані генетичні захворювання
метаболічні захворювання, серцево-судинні захворювання, Дисліпідемія, familial hypobetalipoproteinemia 1, hypercholesterolemia, autosomal dominant, type b, сімейна гіперхолестеринемія, hypobetalipoproteinemia[1]
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • lipid binding • lipid transporter activity • GO:0017127 cholesterol transfer activity • lipase binding • low-density lipoprotein particle receptor binding • phospholipid binding • heparin binding • signaling receptor binding Клітинна компонента • early endosome • chylomicron remnant • vesicle lumen • ендоплазматичний ретикулум • endosome membrane • mature chylomicron • endoplasmic reticulum lumen • vesicle membrane • endosome lumen • intermediate-density lipoprotein particle • clathrin-coated endocytic vesicle membrane • endoplasmic reticulum membrane • екзосома • endocytic vesicle lumen • soma • цитоплазма • Хіломікрон • very-low-density lipoprotein particle • low-density lipoprotein particle • endoplasmic reticulum exit site • міжклітинний простір • smooth endoplasmic reticulum • гіалоплазма • клітинна мембрана • lysosomal lumen • внутрішньоклітинна мембранна органела • extracellular region • high-density lipoprotein particle Біологічний процес • artery morphogenesis • in utero embryonic development • запліднення • рецептор-опосередкований ендоцитоз • positive regulation of cholesterol storage • Обмін жирів • cholesterol metabolic process • cholesterol transport • regulation of cholesterol biosynthetic process • lipid transport • нейробіологія розвитку • leukocyte migration • response to carbohydrate • retinoid metabolic process • steroid metabolic process • triglyceride mobilization • lipid catabolic process • response to lipopolysaccharide • positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation • cellular response to prostaglandin stimulus • response to virus • positive regulation of lipid storage • cellular response to tumor necrosis factor • response to selenium ion • flagellated sperm motility • GO:1901313 positive regulation of gene expression • відгук на органічну речовину • cholesterol homeostasis • Сперматогенез • triglyceride catabolic process • cholesterol efflux • Післязародковий розвиток • lipoprotein transport • toll-like receptor signaling pathway • response to estradiol • membrane organization • chylomicron remodeling • low-density lipoprotein particle remodeling • chylomicron assembly • very-low-density lipoprotein particle assembly • chylomicron remnant clearance • low-density lipoprotein particle clearance • very-low-density lipoprotein particle clearance • lipoprotein metabolic process • lipoprotein biosynthetic process • lipoprotein catabolic process • посттрансляційна модифікація • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	338	238055
Ensembl	ENSG00000084674	ENSMUSG00000020609
UniProt	P04114	E9Q414
RefSeq (мРНК)	NM_000384	NM_009693
RefSeq (білок)	NP_000375	NP_033823
Локус (UCSC)	Хр. 2: 21 – 21.04 Mb	Хр. 12: 8.03 – 8.07 Mb
PubMed search	[2]	[3]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Задіяний у таких біологічних процесах як метаболізм ліпідів, транспорт, метаболізм холестеролу, транспорт ліпідів, метаболізм стероїдів, метаболізм стеролів. Білок має сайт для зв'язування з молекулою гепарину. Локалізований у цитоплазмі. Також секретований назовні.

Білкові ізоформи

Основний білок, який утворюється при експресії гену APOB має молекулярну масу близько 100 кДа, синтезується в печінці й відповідає за обмін ліпідів, перебуваючи у складі ліпопротеїдів великої і низької щільності в плазмі крові. Механізм редагування мРНК аполіпопротеїну B призводить до появи меншої ізоформи ApoB-48 (масою 48 кДа), яка секретується клітинами тонкого кишечнику.

Історія відкриття

Група американських вчених із Техасу досліджувала як саме один ген дає дві різні білкові ізоформи^[6]. Перша ізоформа за амінокислотною послідовністю збігалася з теоретично передбаченою з нуклеотидів гену APOB, тоді як ApoB-48 хоча й мала антигенні властивості N-кінцевої ділянки першої, проте значно відрізнялася за функцією. Аналіз мРНК у печінці й кишечнику виявив наявність повних транскриптів гену ApoB, але в кишечнику цитозин у 6457 положенні було замінено на урацил. Така заміна в цьому місці перетворювала кодон ЦАА, що кодує амінокислоту глутамін, на триплет УАА, що є одним зі стоп-кодонів. Це призводило до припинення трансляції білку й утворення вкороченої молекули ApoB-48. Автори дослідження висунули гіпотезу про відкриття унікального механізму зміни транскрипції. У подальшому було описано цілу систему дезамінування цитозинів у мРНК після транскрипції.

Механізм редагування РНК

Головним ферментом, який бере участь у редагуванні РНК шляхом дезамінування цитидину, в хребетних тварин є цитидиндезаміназа, яка кодується геном APOBEC1. Цей фермент редагує вже зрілі мРНК в ядрі. Для редагування необхідний білковий комплекс, до якого окрім APOBEC1 входить білок ACF (англ. apobec-1 complementation factor), допоміжний фактор APOBEC1 і ще деякі білки. Цей комплекс розпізнає ділянку РНК у 30-40 нуклеотидів, яка утворює шпильку, причому цільовий цитозин міститься в «голівці» (неспареній ділянці) цієї шпильки. Білок ACF виконує адапторну функцію, забезпечуючи контакт дезамінази з РНК. Комплекс розпізнає послідовність UUUN(A/U)U, яка має міститися далі за сайтом редагування та перетинається з якірною послідовністю, до якої приєднується молекула ACF.

мРНК аполіпопротеїну B є основною мішенню дії ферменту APOBEC1, який експресується переважно у кишечнику людини та додатково у печінці інших видів ссавців.

Література

• Deeb S.S., Motulsky A.G., Albers J.J. (1985). A partial cDNA clone for human apolipoprotein B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82: 4983—4986. PMID 3860836 doi:10.1073/pnas.82.15.4983
• Carlsson P., Darnfors C., Olofsson S.O., Bjursell G. (1986). Analysis of the human apolipoprotein B gene; complete structure of the B-74 region. Gene. 49: 29—51. PMID 2883086 doi:10.1016/0378-1119(86)90383-5
• Hardman D.A., Protter A.A., Schilling J.W., Kane J.P. (1987). Carboxyl terminal analysis of human B-48 protein confirms the novel mechanism proposed for chain termination. Biochem. Biophys. Res. Commun. 149: 1214—1219. PMID 3426612 doi:10.1016/0006-291X(87)90537-7
• Hospattankar A.V., Higuchi K., Law S.W., Meglin N., Brewer H.B. Jr. (1987). Identification of a novel in-frame translational stop codon in human intestine apoB mRNA. Biochem. Biophys. Res. Commun. 148: 279—285. PMID 2445342 doi:10.1016/0006-291X(87)91107-7
• Dashti N., Lee D.M., Mok T. (1986). Apolipoprotein B is a calcium binding protein. Biochem. Biophys. Res. Commun. 137: 493—499. PMID 3087360 doi:10.1016/0006-291X(86)91237-4
• Zhao Y., McCabe J.B., Vance J., Berthiaume L.G. (2000). Palmitoylation of apolipoprotein B is required for proper intracellular sorting and transport of cholesteroyl esters and triglycerides. Mol. Biol. Cell. 11: 721—734. PMID 10679026 doi:10.1091/mbc.11.2.721