Католицький університет в Ліллі був заснований в 1875 році після прийняття закону про вільну вищу освіту, який дозволяв засновувати приватні вищі навчальні заклади. Засновниками університету була група католицьких священнослужителів. Спочатку в Університеті було тільки два факультети — теології і медицини. Офіційне відкриття відбулося 15 січня 1877 року, після отримання підтвердження канонічного статусу нового Університету від Святого Престолу.

У 1880 році вийшов у світ новий закон про недержавну вищу освіту, згідно з яким приватні вищі навчальні заклади не мали права використовувати у найменуванні слово «університет», що призвело до перейменування Університету в «Католицький інститут Лілля».

У 1973 році структура навчального закладу була змінена: створено «університетську і політехнічну федерацію», яка складається з Католицького інституту і незалежних від нього вищих шкіл, інститутів та дослідницьких центрів.

Університетська федерація об'єднує Католицький інститут Лілля, 20 вищих шкіл та інститутів, дослідницькі центри і медичний центр. Католицький інститут Лілля включає в себе 6 факультетів:

• Факультет права (La faculté libre de droit, FDL)
• Факультет медицини (La faculté libre de médecine, FLM)
• Факультет Бізнесу, Економіки та Наук (La Faculté d'Économie, Gestion & Sciences, FGES)
• Факультет мистецтва і гуманітарних наук (La faculté libre des lettres et sciences humaines, FLSH)
• Науково-технологічний факультет (La faculté libre des sciences et technologies, FLST)
• Факультет теології (La Faculté de Théologie, FT)

Двадцять вищих шкіл, які також входять в університетську федерацію, спеціалізуються на підготовці фахівців у галузі комерції, інженерії, високих технологій, медицини та інших.