阿伏伽德罗 (软件)

阿伏伽德罗（英语：Avogadro）是一个分子编辑软件，是一款自由软件，被设计用于计算化学，分子建模，生物化学，材料科学， 以及相关领域的跨平台软件^[1][2][3][4]。并且提供添加插件，附加组件或插件的功能^[5]。其名称是以意大利化学家阿伏伽德罗命名的。

关于与“阿伏伽德罗”同名的其他主题，请见“阿伏伽德罗 (消歧义)”。

Avogadro

首次发布	2009年10月23日 (2009-10-23)
当前版本	1.1.1（2013年12月11日 (2013-12-11)）
预览版本	Avogadro 2：0.8.0（2015年8月17日 (2015-08-17)）
源代码库	github.com/OpenChemistry/avogadroapp
编程语言	C++ (Qt)
操作系统	Linux, Mac OS X, Microsoft Windows
许可协议	Avogadro 1：GNU通用公共许可证 Avogadro 2：3句版BSD许可证
网站	avogadro.openmolecules.net

特点

使用Avogadro绘制氯雷他定的空间填充模型。

• 分子构造/编辑器可在Windows， Linux和Mac OS X三种平台上运作。
• 所有的源代码皆发布于GNU GPL（Avogadro 2则改用3句版BSD许可证许可）。
• 支持多国语言，目前有翻译成中文、法语、德语、意大利语、俄语和西班牙语（默认语言为英文）。
• 支持多线程渲染和计算。
• 插件架构的开发，包括渲染、交互式工具、命令、和Python脚本。
• 能openbabel导入文件，输入生成多种计算化学程序产生的数据包、晶体和生物分子。

历史

2007年5月17日发表了Avogadro，为第一次正式公测，也是该软件首个发布的版本，0.1.0版，截至2009年6月，已发布到0.9.8版，当时就已经包含了很完整的功能。

2009年6月12日，Avogadro被开源发表于Qt。6月23日，Avogadro荣获SourceForge社区选 择奖“院士项目”的奖项。10月23日，Avogadro改版并发布1.0正式版，并使用GNU GPLv2条款^[6]。目前最新版本是1.1.1。

2013年4月11日，Avogadro项目发布Avogadro 2的首个测试版本，其成为Open Chemistry软件套装的一部分^[7]，与其他两个软件可以一起使用，也能分开执行，使用Qt4重新编写代码，并加入了一系列的新功能，且改为使用3句版的BSD许可证许可。

功能

基本功能为分子编辑，创建及构造，并可选择周期表上任意元素，透过更改元素数据库，甚至能添加一些新的元素，如:电子偶素与渺子偶素。另外，程序附有自动加上氢功能，能依据酸碱值添加氢原子，并附有分子结构最适化功能，能依据价电子排斥理论或分子轨域理论进行计算分子结构。

令外有额外的分子力学、生物化学、光谱学等功能，但是要先自行准备数据库方可使用。

程序有内附测量功能，可测得键角与键长等分子物理量，并且能找出其分子的所有异构物。

缺点

由于数据库资料有限，因此作出的分子结构会与实际值有所误差，因此，使用软件作出的一些数据仅供参考，应以实际实验为主，软件仅作为辅助功用。

例子

正丙硫醇的球棒模型

例如要制作一个丙硫醇，只需现任意将三个碳连接起来，在使用内附的加上氢功能，然后在任意碳上接一个硫，最后再使用分子结构最适化，程序会依据分子力学、元素资料、电负度、孤对电子数等信息用不同的模型计算出最接近真实的分子结构。

三个碳	三个碳加上氢	分子结构最适化

相关条目

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