核苷酸多样性

提示：此条目的主题不是单核苷酸多态性。

核苷酸多样性（nucleotide diversity）是分子遗传学（分子生物学）中的一个概念。该概念用于表征某一种群中多态性的强弱^[1]。

根井正利和李文雄在1979年引入了一种计算核苷酸多样性的方法：在从某一种群中取得的多个样品DNA上随机取一段序列，将在这些序列上的同一位点碱基的不同取平均值，即可得核苷酸多样性的值。他们将这个值记为“π”。

这种方法用数学公式表示如下：

${\displaystyle \pi =\sum _{ij}x_{i}x_{j}\pi _{ij}=2*\sum _{i=1}^{n}\sum _{j=1}^{i-1}x_{i}x_{j}\pi _{ij}}$

x_i 、x_j分别代表第i个和第j个序列的对应频率^{[注 1]}。π_ij则为两个序列之间不同位点所占百分比^{[注 2]}。n则为总样本数。

核苷酸多样性是遗传变异（genetic variation）的一个量化值。核苷酸多样性通常与其他衡量种群多样性的数值有联系，同时也和期望杂合度（expected heterozygosity）有联系。核苷酸多样性通常用于衡量种群内或种群间的多样性，或作物与相关物种间的遗传变异^[2]。另外，核苷酸多样性还可以用于推算进化关系^[3]。

可通过直接比对DNA序列来算出核苷酸多样性，亦可使用用分子标记得出的数据（比如使用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术或扩增片段长度多态性PCR（AFLP-PCR）得出的数据）推算出^[4][5]。