肠道菌群

肠道菌群^[1][2]（gut flora）或肠道菌相^[3]，又称肠道菌群系^[4][5]（gut microbiome）、肠道菌区系^[6]（gut microbiota），是定居于肠道中的细菌或真菌等正常菌群^[7]（normal flora）及其所生活的环境。肠道菌群通过影响食物消化吸收、调控机体免疫和维护肠黏膜屏障，参与维持人体功能和肠道内环境的稳定。

大肠杆菌（Escherichia coli）是人体肠道多个细菌物种的其中一种。

关于生态学的群系，请见“生物群系”。

关于人类全身的菌群，请见“人类微生物群系”。

肠道菌群包括人类及人类以外动物（含昆虫）的消化道内生存的微生物复杂群落^[8]。肠道宏基因组（metagenome）是肠道微生物群（英语：Microbiota）的所有基因组的聚集体^[9]。在人体内，肠道是人类微生物群系中的一个利基生态位^[10][11]。

肠道菌群的功能

当1995年肠道菌群研究起步时，学界认为其具有三大关键功能：直接防御病原体、通过促进肠道上皮发育与维持并诱导抗体产生来增强宿主防御能力，以及代谢食物中难以消化的化合物。后续研究揭示了其在免疫系统发育训练中的作用，而更深入的研究则聚焦于其在肠-脑轴中的功能。肠道微生物群不仅影响肠道健康，还通过"肠-肺轴"机制参与全身免疫调节，包括与肺部免疫环境的相互作用。

与一般商业上应用单一物种的益生菌相比，人类肠道微生物的生物多样性一旦降低，会影响其宿主的消化功能^[8]。所以现时有研究利用多种益生菌的活生物制剂去模拟肠道菌群的多样性^[8]，以加强益生菌对人体的功效。人体内的细菌种类多达3万种^[12]、数量约100兆^[13]至1000兆^[12]。

肠道微生物群参与消化及免疫调节，并通过肠-脑轴线发挥作用——短链脂肪酸和神经递质等微生物代谢物可通过该途径影响大脑功能与行为。肠-脑轴是指胃肠道与中枢神经系统之间的生化信号传导系统，该定义现已扩展至包含肠道菌群在交互中的作用。学界有时使用"微生物组-脑轴"这一术语来明确强调肠道菌群参与的调控机制。广义的肠-脑轴涵盖：中枢神经系统、神经内分泌与神经免疫系统（包括下丘脑-垂体-肾上腺轴/HPA轴）、自主神经系统的交感与副交感分支（含肠神经系统）、迷走神经以及肠道微生物群落。

不同年龄中的肠道菌群

透过阴道分娩的婴儿肠道微菌丛和妈妈肠道以及阴道微菌丛是相似的，在断奶后婴儿肠道微菌丛的组成会开始变得比较像成人肠道内的微菌丛，且婴儿肠道微菌丛会在此时快速并多元化的发展，这种快速发展肠道微菌丛的现象大约会在1～5岁时变得比较趋缓一些，这时期的儿童肠道微菌丛虽然没有像成人肠道微菌丛有那么多样化的种类，但比起婴儿时期却会变得更稳定，也会发展出更多能够帮助生理正常运作的菌种，像是可以生产丁酸盐(butyrate)的菌种就可以调节免疫功能。当儿童成长到青少年前期(preadolescence, 7～12岁)，肠道内微菌丛数会渐渐趋近成人的数量，但细菌的菌种会稍微有些不同，相较成年人，青少年前期会发展出更多能够帮助叶酸(folate)以及维他命B₁₂合成的菌种（婴儿体内也会有较多能合成叶酸的菌种），而当人们成年时，肠道微菌丛的优势菌种才会变成前一段落中提到的厚壁菌门和拟杆菌门，即便如此，每个人肠道内的微菌丛还是相当不同的且独特的。到了老年期，肠道微菌丛多样性会下降，同时也会变得比较不稳定，这种现象被认为与老年人的免疫力下降是具有相关性的。 ^[14]