以下分支图来自泽维科夫与雅各（2020年）的分析，显示了本属在大眼鱼龙科中可能的系统发育位置。[4]
| 大眼鱼龙类 Ophthalmosauria
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| 大眼鱼龙亚科 Ophthalmosaurinae
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密接实泳鱼龙 Acamptonectes densus
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尼氏真加鱼龙 Gengasaurus nicosiai
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亚氏小鳍鱼龙 Nannopterygius yasykovi
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包齿小鳍鱼龙 Nannopterygius enthekiodon
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萨茹列夫小鳍鱼龙 Nannopterygius saveljeviensis
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北方小鳍鱼龙 Nannopterygius borealis
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伏尔加关节鳍鱼龙 Arthropterygius volgensis
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隆氏关节鳍鱼龙 Arthropterygius lundi
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南海关节鳍鱼龙 Arthropterygius thalassonotus
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霍氏关节鳍鱼龙 Arthropterygius hoybergeti
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克氏关节鳍鱼龙 Arthropterygius chrisorum
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| 扁鳍鱼龙亚科 Platypterygiinae
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极端短鳍鱼龙 Brachypterygius extremus
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细椎阿戈尔鱼龙 Aegirosaurus leptospondylus
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垂直穆伊斯卡鱼龙 Muiscasaurus catheti
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星纹列宁鱼龙 Leninia stellans
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独特巧泳鱼龙 Sveltonectes insolitus
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油砂矿阿萨巴斯卡鱼龙 Athabascasaurus bitumineus
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美洲扁鳍鱼龙 Platypterygius americanus
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卡氏水鱼龙 Acuetzpalin carranzai
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萨奇卡扁鳍鱼龙 Platypterygius sachicarum
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波氏礁灵鱼龙 Caypullisaurus bonapartei
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南方扁鳍鱼龙 Platypterygius australis
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贝登普卢托尼亚鱼龙 Plutoniosaurus bedengensis
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比氏辛比尔斯克鱼龙 Simbirskiasaurus birjukovi
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哈茨山扁鳍鱼龙 Platypterygius hercynicus
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西氏锡斯特龙鱼龙 Sisteronia seeleyi
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平趾扁鳍鱼龙 Platypterygius platydactylus
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林氏慈母椎龙 Maiaspondylus lindoei
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