DOCK

DOCK
原作者	Brian K. Shoichet; David A. Case; Robert C.Rizzo
开发者	加州大学旧金山分校
首次发布	1982年，43年前
当前版本	DOCK 3：3.8; DOCK 6：6.12
编程语言	DOCK 3：Fortran、C语言; DOCK 6：C++、C语言、Fortran 77
操作系统	DOCK 3：源代码; DOCK 6：Linux、macOS、Windows
平台	x86、x86-64
文件大小	100 MB
语言	英语
类型	分子对接（英语：docking (molecular)）
许可协议	专有: ; 对学术机构免费; 对行业组织收费
网站	dock.compbio.ucsf.edu
数据截至	2024-10-04

UCSF DOCK是由欧文“塔克”孔茨（英语：Irwin "Tack" Kuntz）小组于20世纪80年代开发的首个分子对接程序。^[1]DOCK使用几何算法来预测小分子的结合模式。^[2]^[3]^[4] 布赖恩·肖切特（Brian K. Shoichet）、戴维·凯斯（David A. Case）、罗伯特·里佐（Robert C.Rizzo）是该软件的开发者。

事实速览 原作者, 开发者 ...

小组目前正在开发DOCK 3和DOCK 6两个版本的程序。

DOCK使用的配体采样方法包括：

刚性对接：形状匹配，使用放置在袋中的微球并对这些微球和分子进行二分图匹配（所有版本）。
自由配体使用锚点和增长算法（DOCK 4-6）^[5]、数据库的层次对接（DOCK3.5-3.8）进行计算。^[6]^[7]

戴维·凯斯小组在DOCK 6的打分函数AMBER score中加入了分子动力学引擎。这一功能考虑到了受体的灵活性，并允许在分子对接计算中按含能集成排序。^[8]

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参见

参考资料

外部链接

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