Pfam

Pfam是一个蛋白质家族数据库。此数据库会利用隐马尔可夫模型进行多重序列比对以及加上蛋白脚注^[1][2][3]。

Pfam

内容
说明（描述）	The Pfam database provides alignments and hidden Markov models for protein domains.
获取的数据类型	Protein families
有机体（生物）	全部
相关信息
研究中心	WTSI（英语：Wellcome Trust Sanger Institute）
主要参考文献（引用）	PMID 19920124
访问
数据格式	Stockholm format（英语：Stockholm format）
网站	Pfam
下载网址	Pfam ftp[永久失效链接] Pfam ftp
其它信息
许可	GNU宽通用公共许可证
可否列为书签	yes

特色

Pfam中所登录的每一个蛋白质家族可以：

• 查询多重序列比对
• 查看蛋白质主要结构
• 检视物种演化树
• 连结其他数据库
• 查看已知的蛋白质结构

Pfam内的蛋白质家族描述由维基百科使用者管理。

Pfam的最新版本是“Pfam 34.0”（2021年3月，共计19,179个家族）^[4]

参见

• TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
• InterPro（英语：InterPro） Integration of protein domain and protein family databases
• PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)^[5][6]