日本棋院(日语:一般公益法人日本棋院/いっぱんこうえきほうじんにほんきいん Ippankōekihōjin Nihon kiin),是日本最大的围棋管理组织,并负责组织各种棋战。总部位于东京都千代田区,另在名古屋和大阪设有中部和关西总本部。目前,日本棋院辖下棋士约300名。
日本棋院成立于1924年,由当时最大的两个围棋组织本因坊门和方圆社在大仓喜七郎的支持下合并而成。日本棋院成立后,先后同棋正社、吴清源和围棋新社等组织或个人产生竞争。1950年,以桥本宇太郎为首的关西部分棋士脱离日本棋院,自创关西棋院。