“全物种活树”项目

“全物种活树”项目（英语：'The All-Species Living Tree' Project，或译“全物种生命树枝”项目）是ARB（英语：ARB Project）、SILVA rRNA（英语：SILVA ribosomal RNA database）数据库项目和LPSN等多个学术团体/机构之间的合作，旨在组建一个包含所有有效发表的细菌和古菌物种的16S rRNA序列数据库。^[1] 在某个阶段，还收集了23S序列，^[2] 但后来停止了。^[3]

目前，对齐的数据集中已包含超过10,950个物种，并且随着新物种的发现或数据库中未收录物种的测序，还会添加更多物种。后者最初占物种总数的7%。

类似（以及最近）的项目包括细菌和古菌基因组百科全书（Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea，GEBA），该项目专注于细菌和古菌的全基因组测序。^[4][5]

树

参见：细菌门（英语：Bacterial phyla）

该树是通过最大似然法分析创建的，未使用引导法：因此，准确性会因大小而降低，并且许多门级分支（例如厚壁菌门）无法正确解析。（真核生物未在分析中出现）。此系统发育树是基于16S rRNA的LTP_08_2023的总结，包含截至2023年8月所有已有效发布名称的模式种。^[6][7][8]

	Domain Archaea   Methanopyri     Crenarchaeida   Nitrososphaerota     Thermoproteota     Euryarchaeota       Methanococci     Thermoplasmata         "Archaeoglobia"     Thermococci           Methanobacteria         Methanonatronarchaeia     Methanomicrobia       Halobacteria       {"Euryarchaeida"}
	Nanobdellales   Domain Bacteria   "Aquificida"   "Thermosulfidibacterota"     Aquificota           "Synergistetes"     Caldisericota     Synergistota         Coprothermobacterota     Thermotogota             Atribacterota         Syntrophorhabdia       Thermotomaculales     Spirochaetota           Firmicutes 3     Dictyoglomota     "Caldicellulosiruptorales"         "Thermosediminibacteria" [incl. "Ammonificales", "Brockiales"]     "Thermoanaerobacteria" [incl. Thermanaeromonas, Desulfovirgula]             "FCB group"     Fibrobacteria {Fibrobacterota}     Gemmatimonadota         Calditrichota         Ignavibacteriota     Chlorobiota         Rhodothermota       Balneolota     Bacteroidota                           "Melainabacteria"     "Cyanobacteriota"         Armatimonadota     Chloroflexota         Deinococcota       Firmicutes 2     "Sulfobacillia"     "Thermaerobacteria"           "Carboxydothermales"     "Thermacetogeniales"         Moorellales {"Moorellia"}         "Calderihabitantales"     "Koleobacterales"         Zhaonellaceae       "Desulfitibacterales"     "Syntrophomonadia"                   Gelria       "Symbiobacteriia"     Actinomycetota                         "Thermodesulfobiota"     Elusimicrobiota       Nitrospirota         "Halanaerobiia"     Acidobacteriota           Chitinivibrionia   "Planctobacteria"     "Abditibacteriota"       Chlamydiota       Lentisphaerota       Kiritimatiellota     Verrucomicrobiota             Planctomycetota         "Firmicutes" 1         Thermolithobacteria     "Carboxydocellales"         "Thermincolia"     "Desulfofundulaceae"           "Hydrogenisporia"     "Selenomonadia"             Limnochordia     "Desulfotomaculota"         "Clostridiia"         Fusobacteriota     Mycoplasmatota       Bacillota               "Hydrobacterida"         Thermodesulfobacteriota         "Deferrisomatota"     "Bradymonadia"       Myxococcota           "Desulfuromonadota"       Bdellovibrionota     Desulfobacterota             Desulfovibrionia     Campylobacterota             Chrysiogenota     Deferribacterota       Pseudomonadota

参阅

• 细菌门分支顺序 (乌斯，1987年)
• 细菌门分支顺序 (古普塔，2001年)
• 细菌门分支顺序 (卡弗利尔-史密斯，2002年)
• 细菌门分支顺序 (拉佩和乔瓦诺尼，2003年)
• 细菌门分支顺序 (巴蒂斯图齐等人，2004年)
• 细菌门分支顺序 (奇卡雷利等人，2006年)
• 细菌门分支顺序 (基因组分类学数据库，2018年)
• 细菌门
• 古菌属列表
• 细菌属列表
• 细菌目列表
• LPSN（原核生物标准命名列表），公认的细菌和古菌名称列表