基因组分类学数据库

基因组分类学数据库（英语：Genome Taxonomy Database，缩写：GTDB）是一个在线数据库，它遵循基于一组保守的单拷贝蛋白质的系统基因组学方法，保存有关原核生物拟议命名法的信息。除了解决并系群之外，该方法还通过算法重新分配分类等级，并在两种情况下更新名称。^[1] 2020年添加了古菌信息，^[2] 以及基于平均核苷酸同一性（英语：Bacterial genome）（average nucleotide identity）的物种分类。^[3] 每次更新都包含新的基因组及其分类的自动和手动管理。^[4]

基因组分类学数据库

内容
获取的数据类型	拟议的原核生物命名法、系统基因组学数据
相关信息
研究中心	澳大利亚生态基因组学中心、昆士兰大学
作者（创始人）	菲尔·休根霍尔茨（Phil Hugenholtz） 玛丽亚·楚沃希纳（Maria Chuvochina） 克里斯蒂安·林克（Christian Rinke）
主要参考文献（引用）	PMID 30148503
发布日期	2018年
访问
网站	gtdb.ecogenomic.org
下载网址	gtdb.ecogenomic.org/downloads
网络服务网址	gtdb.ecogenomic.org/tree
其它信息
许可	CC BY-SA 4.0
版本	09-RS220 (2024年4月24日)
管理政策	混合

一个名为GTDB-Tk的开源工具可用于将草图基因组分类到GTDB层次结构中。^[5] GTDB系统通过GTDB-Tk已用于对人类肠道微生物组和其它宏基因组来源中尚未命名的细菌进行分类。^[6][7]

GTDB于2019年被纳入《伯吉氏古菌和细菌系统学手册》，作为其系统基因组学资源。^[8]

参阅

• 国际系统发生命名法规（英语：PhyloCode）（系统法规，PhyloCode）
• 美国国家生物技术信息中心
• SILVA核糖体核糖核酸数据库（英语：SILVA ribosomal RNA database）
• 原核生物标准命名列表