多重聚合酶链式反应

多重聚合酶链式反应（英语：Multiplex Polymerase Chain Reaction, Multiplex PCR）是指利用聚合酶链式反应同时扩增数个不同的DNA序列（像在同一个反应中进行许多单独的聚合酶链式反应）。该过程使用多个引子和温度敏感的DNA聚合酶在循环热仪里复制样品中的DNA。其中使用的的所有引子必须特别设计以符合相同的黏合温度。

1988年，多重PCR首次被用来检测肌肉萎缩症基因缺陷的方法^[1]。它也被用来检测类固醇硫酸酯酶

基因^[2]。 2008年，多重PCR技术开始被用来分析微卫星和SNP^[3]。2020年，美国疾管局使用了反转录多重PCR技术来针对 SARS-CoV-2 病毒中的多个基因标的进行检测，此技术增加了单一测试的目标数量和样品通量大小。^[4]

多重PCR的一组反应物中包含多个引子组，能够针对不同DNA序列放大出大小不同的扩增子，进而可以从单次测试中获得原本需要更多时间和耗材的反应结果。每个引子组的黏合温度必须特别设计，以在同个反应中正确放大目标，另外扩增子的大小（即其产物碱基长度）应有足够的差异，以便在凝胶电泳的结果中分辨为不同的条带。如果扩增子大小太相近，则可选择使用带有不同颜色的荧光标定的引子来区分不同的扩增子。市面上已有用于多重PCR的试剂组，并被许多法医实验室用来放大已被分解的DNA样品。

应用

多重PCR的一些应用包括：

1. 病原鉴定：例如下呼吸道感染的病人往往在微生物培养前常已使用了抗生素，有时不容易培养出致病菌。2006年时Stralin、Korsgaard、Olcen等人以多重PCR检测支气管肺泡冲洗液（bronchoalveolar lavage, BAL）中的S. pneumoniae（lytA, 229 bp）、M. pneumoniae（Pl, 483 bp）、C. pneumoniae（ompA, 368 bp）及H. influenzae（16S rRNA gene, 538 bp）（括弧为基因标的及PCR产物长度）。在156个下呼吸道感染病人检体中，以传统方式培养出C. pneumoniae（ompA, 368 bp）、M. pneumoniae（Pl, 483 bp）、S. pneumoniae（lytA, 229 bp）及H. influenzae之比例分别为0%、3.2%、14%及21%。若以多重PCR则检测上述四种病原菌，则检出率分别为0.6%、3.2%、28%及47%。值得注意的是103个已使用抗生素的病人中，培养法只检出2.9%的检体有S. pneumoniae，显示这个方法对已接受抗生素治疗的病人特别有效果^[5]。
2. 高通量SNP基因分型
3. 变异分析
4. 基因缺失分析
5. 模板定量
6. 连锁分析
7. RNA检测
8. 法医研究
9. 饮食分析