数字聚合酶链式反应

数字聚合酶链式反应（数字PCR、dPCR或dePCR）。是对常规聚合酶链式反应方法的生物技术改良，可被用来直接定量和克隆扩增核酸。dPCR和qPCR的主要差异在于测量核酸的方法，前者比PCR更精确，但新手也更容易造成差错。^[1] PCR每个样品进行一个反应。dPCR也是每个样品进行一个反应，但样品被分散成很多液滴而且反应在每个液滴里单独进行。这个分离可以更可靠地收集和更敏感地测量核酸含量。已经证明这个方法可以研究基因顺序的变异——比如拷贝数变异和点突变。

数字PCR(dPCR)与实时PCR(qPCR)的比较

因每个微滴里只有一个分子，数字PCR测量的是靶DNA的实际分子数，这是一种离散的数字测量。它提供绝对定量，因为dPCR测量的是样本的阳性部分，即由于正确扩增而发出荧光的液滴数。该阳性部分准确地指示了模板核酸的初始量。qPCR同样利用荧光，然而它测量的是特定时间（通常在每个扩增循环后）的荧光强度来确定目标分子（DNA）的相对量，但如果不使用不同量的既定标准品构建标准曲线，则无法确定确切量。它给出了每个循环的阈值 (英语：threshold per cycle，缩写CT)，并使用CT差来计算初始核酸的量。因此qPCR是一种模拟测量，由于需要进行外推才能获得测量值，因此可能不那么精确。

dPCR测量扩增完成后的DNA量，然后确定重复次数。这代表终点法测量，因为它需要在实验完成后观察数据。相比之下，qPCR记录扩增过程中特定时间点DNA的相对荧光。

实时数字 PCR (rdPCR) 结合了数字PCR(dPCR)和定量PCR(qPCR)的方法，将dPCR的精确度与qPCR的实时分析能力相结合。这种整合旨在提高灵敏度、特异性以及核酸序列绝对定量的能力，从而有助于科学和临床研究中遗传物质的定量分析。

qPCR 无法区分小于两倍的基因表达差异或拷贝数变异。而dPCR具有更高的精确度，已被证明可以检测出小于30%的基因表达差异，区分仅相差1个拷贝的拷贝数变异，并识别频率低于0.1%的等位基因。