金门县政府为中华民国福建省金门县最高层级的最高地方行政机关，在中华民国政府架构中为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项，金门县的自治监督机关为行政院内政部。金门县政府是辖下各乡、镇的地方自治监督机关。