「全物種活樹」項目

「全物種活樹」項目（英語：'The All-Species Living Tree' Project，或譯「全物種生命樹枝」項目）是ARB（英語：ARB Project）、SILVA rRNA（英語：SILVA ribosomal RNA database）數據庫項目和LPSN等多個學術團體/機構之間的合作，旨在組建一個包含所有有效發表的細菌和古菌物種的16S rRNA序列數據庫。^[1] 在某個階段，還收集了23S序列，^[2] 但後來停止了。^[3]

目前，對齊的數據集中已包含超過10,950個物種，並且隨着新物種的發現或數據庫中未收錄物種的測序，還會添加更多物種。後者最初占物種總數的7%。

類似（以及最近）的項目包括細菌和古菌基因組百科全書（Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea，GEBA），該項目專注於細菌和古菌的全基因組測序。^[4][5]

樹

參見：細菌門（英語：Bacterial phyla）

該樹是通過最大似然法分析創建的，未使用引導法：因此，準確性會因大小而降低，並且許多門級分支（例如厚壁菌門）無法正確解析。（真核生物未在分析中出現）。此系統發育樹是基於16S rRNA的LTP_08_2023的總結，包含截至2023年8月所有已有效發布名稱的模式種。^[6][7][8]

	Domain Archaea   Methanopyri     Crenarchaeida   Nitrososphaerota     Thermoproteota     Euryarchaeota       Methanococci     Thermoplasmata         "Archaeoglobia"     Thermococci           Methanobacteria         Methanonatronarchaeia     Methanomicrobia       Halobacteria       {"Euryarchaeida"}
	Nanobdellales   Domain Bacteria   "Aquificida"   "Thermosulfidibacterota"     Aquificota           "Synergistetes"     Caldisericota     Synergistota         Coprothermobacterota     Thermotogota             Atribacterota         Syntrophorhabdia       Thermotomaculales     Spirochaetota           Firmicutes 3     Dictyoglomota     "Caldicellulosiruptorales"         "Thermosediminibacteria" [incl. "Ammonificales", "Brockiales"]     "Thermoanaerobacteria" [incl. Thermanaeromonas, Desulfovirgula]             "FCB group"     Fibrobacteria {Fibrobacterota}     Gemmatimonadota         Calditrichota         Ignavibacteriota     Chlorobiota         Rhodothermota       Balneolota     Bacteroidota                           "Melainabacteria"     "Cyanobacteriota"         Armatimonadota     Chloroflexota         Deinococcota       Firmicutes 2     "Sulfobacillia"     "Thermaerobacteria"           "Carboxydothermales"     "Thermacetogeniales"         Moorellales {"Moorellia"}         "Calderihabitantales"     "Koleobacterales"         Zhaonellaceae       "Desulfitibacterales"     "Syntrophomonadia"                   Gelria       "Symbiobacteriia"     Actinomycetota                         "Thermodesulfobiota"     Elusimicrobiota       Nitrospirota         "Halanaerobiia"     Acidobacteriota           Chitinivibrionia   "Planctobacteria"     "Abditibacteriota"       Chlamydiota       Lentisphaerota       Kiritimatiellota     Verrucomicrobiota             Planctomycetota         "Firmicutes" 1         Thermolithobacteria     "Carboxydocellales"         "Thermincolia"     "Desulfofundulaceae"           "Hydrogenisporia"     "Selenomonadia"             Limnochordia     "Desulfotomaculota"         "Clostridiia"         Fusobacteriota     Mycoplasmatota       Bacillota               "Hydrobacterida"         Thermodesulfobacteriota         "Deferrisomatota"     "Bradymonadia"       Myxococcota           "Desulfuromonadota"       Bdellovibrionota     Desulfobacterota             Desulfovibrionia     Campylobacterota             Chrysiogenota     Deferribacterota       Pseudomonadota

參閱

• 細菌門分支順序 (烏斯，1987年)
• 細菌門分支順序 (古普塔，2001年)
• 細菌門分支順序 (卡弗利爾-史密斯，2002年)
• 細菌門分支順序 (拉佩和喬瓦諾尼，2003年)
• 細菌門分支順序 (巴蒂斯圖齊等人，2004年)
• 細菌門分支順序 (奇卡雷利等人，2006年)
• 細菌門分支順序 (基因組分類學數據庫，2018年)
• 細菌門
• 古菌屬列表
• 細菌屬列表
• 細菌目列表
• LPSN（原核生物標準命名列表），公認的細菌和古菌名稱列表