四極場中離子被施加了一個回復力使得它們回到阱的中心,場中的離子的運動由馬丟函數(Mathieu equation)[4]給出。對於離子阱中帶電離子,可列出以下方程:
其中
代表x, y, z 坐標,
是一個無量綱的參數,由
給出,並且
和
也是無量綱的限制參數。參數
是施加在環形電極上的電場頻率。應用鏈式法則,我們可以得出:

將(2)帶入馬修方程(1),可得:
.
整理上式:
.
由牛頓運動學方程可知,以上的方程代表了施加在離子上的力。該方程可應用Floquet定理解得或用多尺度分析(multiple scale analysis)的標準計算方法得出。[5]粒子動力學和保羅離子阱的帶電粒子的時間平均密度也可以通過有質動力的概念得到。
每個維上的力沒有耦合。例如,對於作用在離子上的力,在x軸上有:

其中,
是四極勢,由以下給出:

其中
是外加電位,
,
, 和
是權重,還有
是尺寸參數常數。為了滿足拉普拉斯條件,
可由以下給出:
.
對於一個離子阱,
和
對於一個四極杆質量分析器,
並且有
。
轉換5式到圓柱坐標,即
,
,和
應用勾股定理
給出以下:
Diagram of the stability regions of a quadrupole ion trap according to the voltage and frequency applied to the ion trap elements.

施加的電勢是RF和DC的組合,由下式給出:

其中
and
是外加頻率,單位是赫茲。
將7式帶入5式,
得:

將8式帶入4式,可得:
比較1式和9式的右手項,可得:
和

此外還有
,

還有

離子的捕獲可以從
和
空間穩定區域的角度來理解。圖中陰影區域的邊界是兩個方向上的穩定邊界(也稱為帶邊界)。 兩個區域的重疊域是陷阱域。 為了計算這些邊界和類似的圖表,請參閱Müller-Kirsten[6]。