帽分析基因表達

帽分析基因表達（英語：Cap analysis gene expression，簡稱為CAGE）是在分子生物學領域應用的一種技術，該技術用於產生生物樣本中整個mRNA總體的5'端快照。首先抽取出總mRNA（加帽轉錄物的5'端）最開頭的小片段（通常20～21核苷酸長），接下來逆轉錄為DNA，後者通過PCR得到擴增，最後對擴增產物進行測序。CAGE法最初由林崎及同事於2003發表^[1]。 FANTOM研究計劃廣泛地應用了CAGE法。

CAGE法流程

分析

CAGE法輸出的結果是一組短核苷酸序列（常被稱為「標籤」）及其所測數量。利用參考基因組，研究者通常可以鑑定出標籤最初是從哪個mRNA中抽取出來的，故亦可知道其來源於哪個基因。CAGE標籤的拷貝數以數量的簡易方式反映出了生物樣本中RNA轉錄物的豐度。

不同於基因表達的系列分析（SAGE或超級SAGE，是一種從轉錄物的其它部分抽取標籤的類似技術），CAGE法主要用於定位轉錄物在基因組中的準確轉錄起始位點。CAGE法所產生的知識使得研究者能夠轉而研究基因表達所必須的啟動子結構。

然而，已知CAGE法對於大多數CAGE標籤5'端的非特異性的鳥嘌呤（G）有偏倚性，其原因是在cDNA第一條鏈合成中5'端發生無模板延伸^[2]。這將導致CAGE標籤被定位至錯誤的位置，例如定位至非轉錄假基因上。^[2]