數字聚合酶鏈式反應

數字聚合酶鏈式反應（數字PCR、dPCR或dePCR）。是對常規聚合酶鏈式反應方法的生物技術改良，可被用來直接定量和克隆擴增核酸。dPCR和qPCR的主要差異在於測量核酸的方法，前者比PCR更精確，但新手也更容易造成差錯。^[1] PCR每個樣品進行一個反應。dPCR也是每個樣品進行一個反應，但樣品被分散成很多液滴而且反應在每個液滴里單獨進行。這個分離可以更可靠地收集和更敏感地測量核酸含量。已經證明這個方法可以研究基因順序的變異——比如拷貝數變異和點突變。

數字PCR(dPCR)與實時PCR(qPCR)的比較

因每個微滴里只有一個分子，數字PCR測量的是靶DNA的實際分子數，這是一種離散的數字測量。它提供絕對定量，因為dPCR測量的是樣本的陽性部分，即由於正確擴增而發出熒光的液滴數。該陽性部分準確地指示了模板核酸的初始量。qPCR同樣利用熒光，然而它測量的是特定時間（通常在每個擴增循環後）的熒光強度來確定目標分子（DNA）的相對量，但如果不使用不同量的既定標準品構建標準曲線，則無法確定確切量。它給出了每個循環的閾值 (英語：threshold per cycle，縮寫CT)，並使用CT差來計算初始核酸的量。因此qPCR是一種模擬測量，由於需要進行外推才能獲得測量值，因此可能不那麼精確。

dPCR測量擴增完成後的DNA量，然後確定重複次數。這代表終點法測量，因為它需要在實驗完成後觀察數據。相比之下，qPCR記錄擴增過程中特定時間點DNA的相對熒光。

實時數字 PCR (rdPCR) 結合了數字PCR(dPCR)和定量PCR(qPCR)的方法，將dPCR的精確度與qPCR的實時分析能力相結合。這種整合旨在提高靈敏度、特異性以及核酸序列絕對定量的能力，從而有助於科學和臨床研究中遺傳物質的定量分析。

qPCR 無法區分小於兩倍的基因表達差異或拷貝數變異。而dPCR具有更高的精確度，已被證明可以檢測出小於30%的基因表達差異，區分僅相差1個拷貝的拷貝數變異，並識別頻率低於0.1%的等位基因。