文獻管理軟件比較

以下列表比較文獻管理軟件，比較對象包括可能已不再受支持的舊版應用程序以及正在維護的軟件。

常用

在「備註」一欄，有以下分類：

• 基於網頁的應用程序，指安裝在網頁服務器上的應用程序（通常要求MySQL或其他數據庫作後段，以及使用PHP、Perl、Python或者其他網頁編程語言以供前段存取程式使用）
• 中央託管網站

軟件	開發者	首次公開發行	最新穩定版本推出日期	最新穩定版本	價錢（美元）	是否為免費軟件	協議	備註
Bebop（英語：Bebop (software)）	ALaRI研究所（英語：Advanced Learning and Research Institute）	2007-11-08	2009-11-10	1.1	免費	是	BSD	基於網頁的BibTeX前端（Apache、PHP、MySQL）
BibBase（英語：BibBase）	Christian Fritz	2005	2013-07	v3	免費	否	專有	中央託管網站，用於發布網頁
BibDesk（英語：BibDesk）	BibDesk開發者	2002-04	2025-05-06	1.9.7[1]	免費	是	BSD	BibTeX前端+資源庫；基於Cocoa；與Spotlight集成
BibSonomy（英語：BibSonomy）	卡塞爾大學	2006-01	2024-01-08	4.1.0	免費	是	AGPL, GPL, LGPL[2]	中央託管網站
Bookends（英語：Bookends）	桑尼軟件	1988 (Mac) / 1983 (Apple II+)	2023-05-06	14.2[3]	US$59.99[a]	否	專有	通過iCloud同步桌面和iOS、集成網絡搜索、PDF下載、Word插件、支持BibTex、將PDF注釋存儲為注釋
Citavi（英語：Citavi）	Lumivero	2006-02-13	2023-08-15	6.17.0.0	US$89-1947[b]	否	專有	數據可保存在本地計算機上，也可保存在Citavi雲或內網Microsoft SQL Server中，以便團隊訪問[4]；通過界面搜索數據庫[5]
EndNote	科睿唯安	1988	2024-11-19	21.5[6]	US$299.95[a]	否	專有	網絡版EndNote basicEndNote basic （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）（前身為EndNote Web）免費
JabRef	JabRef開發者	2003-11-29	2023-10-21	5.11	免費	是	MIT許可證	Java編寫的BibTeX及BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）管理器
KBibTeX（英語：KBibTeX）	KBibTeX開發者	2005-08	2020-04-26	0.9.2	免費	是	GNU GPL	BibTeX前端，使用KDE軟件編譯器
Mendeley	愛思唯爾	2008-08	2020	1.19.8	免費/免費在線存儲空間最高為2 GB/可提供額外存儲空間	否	專有軟件 (存在操作系統API客戶端)	需要註冊帳戶、安裝桌面和網絡組件，提供Windows、Linux、macOS（非 macOS 11 Big Sur）客戶端
Paperpile（英語：Paperpile）	Stefan Washietl, Gregorgy Jordan, Andreas Gruber	2013	持續在線更新		學術類US$2.99/月，其他US$9.99/月	否	專有	網絡應用程序，與Google Docs集成，具有協作和共享功能，目前僅支持Google Chrome瀏覽器
Papers（英語：Papers (software)）	ReadCube	2011-10	2023-04-04	v.4.35.2224	學生US$3/月，學者US$5/月	否	專有	網絡應用程序、桌面（MacOS、Windows）、手機（iOS和Android）。Microsoft Word和Google文檔插件。瀏覽器擴展（Chrome、Firefox、Edge、Safari）
Pybliographer（英語：Pybliographer）	Pybliographer開發者	1998-10-30 (0.2)	2018-04-03	1.4.0	免費	是	GNU GPL	Python/GTK2
refbase（英語：refbase）	refbase開發者	2003-06-03	2014-02-28	0.9.6	免費	是	GNU GPL	基於網絡的機構資料庫（英語：Institutional repository）/自我存檔（英語：Self-archiving）[7]
RefDB（英語：RefDB）	refdb開發者	2001-04-25	2022-02-13	1.0.3[8]	免費	是	GNU GPL	透明網絡；XML/SGML文獻目錄
RefWorks（英語：RefWorks）	Ex Libris / ProQuest	2001	2022	4.6	機構訂閱	否	專有	基於網絡、瀏覽器訪問、Word和Google文檔
Wikindx（英語：Wikindx）	Mark Grimshaw, Stéphane Aulery	2003-02	2024-04-13	6.9.1	免費	是	ISC license	基於網絡，適用於PHP和MySQL/MariaDB
Zotero	喬治梅森大學羅伊·羅森茨維格歷史與新媒體中心	2006	2025-07-09	7.0.20[9]	免費/在線存儲免費，最大為300 MB/可提供額外存儲空間	是	AGPL	多平台桌面版，擁有Firefox、Google Chrome和Safari的客戶端。還可通過Zotero.org或用戶電腦上的個人云數據庫文件夾（Google Drive、Dropbox等）訪問基於網絡的參考資料庫。

操作系統支持

對於網絡應用程序，此段描述了服務器操作系統。對於專有的集中託管網站，則不適用。除非腳註中另有說明，否則任何客戶端-服務器架構的操作系統都可以連接到Web服務。

軟件	Windows	macOS	Linux	ChromeOS	BSD	Unix	iOS	Android	Windows App
Bebop	是	是	是	?	是	是	否	否	否
BibBase	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	?	?	?
BibDesk	否	是	否	否	否	否	否	否	否
BibSonomy	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	?	?	?
Bookends	否	是	否	?	否	否	是	?	?
Citavi	是	否	否	否	否	否	否	否	否
EndNote	是	是	否	否	否	否	是	否	否
JabRef	是	是	是	否	否	是	否	否	否
KBibTeX	實驗性質	實驗性質	是	?	是	是	否	否	否
Mendeley	是	是	是	否	否	否	否 （自2021年3月15日起逐步取消）[10]	否 （自2021年3月15日起逐步取消）[10]	否
Paperpile	是	是	是	是	否 （需要Chromium）	否 （需要Chromium）	是[11]	是[12]	否
Papers	是	是	否	是	否	否	是	是	是
Pybliographer	部份[c]	部份[c]	是	?	是	是	否	否	否
refbase	是	是	是	?	是	是	否	否	否
RefDB	是	是	是	?	是	是	否	否	否
RefWorks[13]	是	是	否	是	是	?	否	?	否
Wikindx	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用
Zotero	是	是	是	僅Intel平台	否	是	是	第三方[14]	否

輸出文件格式

本表列出了可從參考資料管理器導出的機器可讀文件格式。這些格式通常用於與其他參考資料管理器或使用參考資料管理器的其他人共享數據。要從一個程序向另一個程序交換數據，第一個程序必須能夠導出為第二個程序可以導入的格式。導入文件格式見下表。

軟件	BibTeX	Endnote/Refer（英語：refer (software)）/BibIX	Medline	MODS XML（英語：Metadata Object Description Schema）	RIS（英語：RIS (file format)）	其它支持類型
Bebop	是	否	否	否	否	unAPI（英語：unAPI）
BibBase	是	否	否	否	否	無
BibDesk	是	否	是	是	是	Endnote XML，用戶可自定義
BibSonomy	是	是	否	否	是	多種格式[15]
Bookends	是	是	是	否	是	多種用戶自定義格式
Citavi	是	是	是	是	是	NVivo及其他多種軟件
EndNote	是	是	是	否	是	多種格式[16]
JabRef	是	是	否	是	是	BibTeXML、DocBook、HTML、用於OOo的ODF、RTF、SQL 數據庫、用戶自定義
KBibTeX	是	是	否	依情況[d]	是	PDF、PostScript、HTML、XML、RTF
Mendeley	是	是	否	否	是	XML尾注
Paperpile	是	否	否	否	是	CSV、JSON
Papers	是	是	否	否	是	None
Pybliographer	是	是	是	否	否	Ovid（英語：Ovid Technologies）
refbase	是	是	否	是	是	COinS（英語：COinS）、用於OOo的ODF、通過SRU（英語：Search/Retrieve via URL）的SRW（英語：Search/Retrieve Web Service）XML、unAPI（英語：unAPI）、Word XML
RefDB	是	是	否	是	是	通過SRU（英語：Search/Retrieve via URL）網絡服務的SRW（英語：Search/Retrieve Web Service）XML、DocBook、TEI
RefWorks	是	是	否	是	是	RIS、BibTeX、Tab delimited or XML metadata
Wikindx	是	是	否	否	是	COinS（英語：COinS）、HTML、PubMed、RTF
Zotero	是	是	從4.0版起[17]	是	是	COinS（英語：COinS）、Csv、多個RDF格式標準、TEI、維基百科引文模板、Endnote XML、CSL JSON、Refer/BiblX、RefWorks標籤

輸入文件格式

下表列出了無需連接特定數據庫即可手動導入參考文獻管理器的檔案格式。許多數據庫公司使用的文件格式名稱與其數據庫名稱相同（包括Copac（英語：Copac）、CSA（英語：Cambridge Scientific Abstracts）、ISI、MEDLINE、Ovid、PubMed和SciFinder）。有關從特定數據庫（而非文件格式）檢索引文的功能，請參閱本表下方的數據庫連接表。

截至2021年1月 (2021-01)^[update]，任何參考資料管理系統都不支持CSL YAML^[18]。

軟件	BibTeX	Copac（英語：Copac）	CSA（英語：Cambridge Scientific Abstracts）	EndNote/ Refer（英語：refer (software)）/BibIX	ISI	MEDLINE	MODS XML（英語：Metadata Object Description Schema）	Ovid（英語：Ovid Technologies）	PubMed	RIS（英語：RIS (file format)）	SciFinder	其它支持格式
Bebop	是	否	否	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibBase	是	否	否	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibDesk	是	是	否	是	是	是	是	否	是	是	是	MARC、JSTOR、Reference Miner
BibSonomy	是	否	否	是	否	否	否	否	否	否	否	Firefox瀏覽器書籤
Bookends	是	是	是	是	是	是	否	是	是	是	是	多種用戶自定義格式
Citavi	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	多種格式
EndNote	否	否	是	是	是	是	否	是	是	是	是	多種格式[19]
JabRef	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	BibTexML、Biomail、Inspec（英語：Inspec）、JSTOR、MSBib、帶有XMP注釋的PDF、REPEC（英語：Research Papers in Economics）、SilverPlatter（英語：SilverPlatter）、SixPack
KBibTeX	是	否	否	是	否	否	依情況[d]	否	是	是	否	無
Mendeley	是	否	否	是	否	否	否	否	否	是	否	瀏覽器書籤
Paperpile	是	否	否	是	是	是	否	否	是	是	否	PDF、MARC
Papers	是	否	否	是	否	否	否	否	是	是	否	PDF
Pybliographer	是	否	否	是	是	是	否	是	否	否	否	無
refbase	是	是	是	是	是	是	是	否	是	是	是	RefWorks（英語：RefWorks）
RefDB	是	是[d]	否	是[d]	是[d]	是	是	否	是	是	是[d]	MARC, risx
RefWorks	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	多種格式[20]
Wikindx	是	否	否	是	否	否	否	是	是	否	否	BibReX LaTeX
Zotero	是	否[e]	否[e]	是	是	是	是	是	是	是	否	COinS（英語：COinS）、MARC、RDF、unAPI（英語：unAPI）、瀏覽器書籤、Endnote XML、其它格式[21]

支持的引文格式

軟件	APA	Chicago/Turabian（英語：A Manual for Writers of Research Papers, Theses, and Dissertations）	Harvard	MLA（英語：MLA_Handbook#MLA_Style_Manual）	其它格式	擴展模式
Bebop	否	否	否	否	否	否
BibBase	是	否	否	否	否	否
BibDesk	是	是	是	是	多種格式[22]	BibTeX樣式文件（使用面向CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23]）或BibDesk導出模板[22]
BibSonomy	是	否	是	否	否	否
Bookends	是	是	是	是	多種格式	?
Citavi	是	是	是	是	多種格式[24]	Citavi格式（通過GUI），包括條件和可編程組件[24]；與LaTeX一起使用時，可使用BibTeX或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）（使用用於CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23]）
EndNote	是	是	是	是	多種格式[16]	EndNote格式（通過GUI）[16]
JabRef	是	是	是	是	多種格式	BibTeX樣式文件或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）（使用用於CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23])
KBibTeX	是	是	是	是	多種格式	BibTeX樣式文件（使用用於CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23])
Mendeley	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL[25]
Paperpile	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL[25]
Papers	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL、BibTeX或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）與LaTeX一起使用[26]
Pybliographer	是	否	否	否	無	Pybliographer XML
refbase	是	是	是	是	各種極地和海洋期刊	PHP
RefDB	是	是	是	是	21種生物醫學和法律期刊[27]	XML（citestylex.dtd）、交互式腳本
RefWorks	是	是	是	是	多種格式	RefWorks格式（通過GUI）[28]；CSL[25]
Wikindx	是	是	是	是	ABNT, BMJ, IEEE	Wikindx格式（通過GUI）
Zotero	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL[25]；與LaTeX一起使用時，可使用BibTeX或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）[29]

參考列表文件格式

Endnote與LaTeX不兼容。

軟件	HTML	LaTeX[f]	RTF	Plain text（英語：Plain text）	RSS	其它格式
Bebop	是	否	否	否	是	unAPI（英語：unAPI）
BibBase	是	否	否	否	是	否
BibDesk	是	是	是	是	是	Atom、DOC、PDF、XML
BibSonomy	是	否	是	是	是	CSV
Bookends	是	否	是	是	否	剪貼板
Citavi	是	是[g]	是	是	否	剪貼板, DOC, ODT, PDF, HTML
EndNote	是	否	是	是	否	剪貼板, XML
JabRef	是	是	是	是	否	剪貼板
KBibTeX	是	否	是	否	否	PDF、PostScript
Mendeley	是	是[h]	是	是	是	剪貼板、可嵌入的HTML部件、RSS
Paperpile	是	是	是	是	否	剪貼板
Papers	是	否	否	否	否	PDF
Pybliographer	是	?	否	是	否	否
refbase	是	是	是	是	是	Markdown、PDF、unAPI（英語：unAPI）
RefDB	是	?	是	是	否	DocBook, TEI
RefWorks	是	否	是	是	否	DOC, ODT
Wikindx	是	是	是	否	是	通過BibUtils插件實現多重功能
Zotero	是	可通過插件實現[31]	是	可通過插件實現[32]	是	剪貼板

與文字處理器的集成

一些參考文獻管理軟件支持在Word處理程序（英語：Word processor program）中自動嵌入和（重新）格式化參考文獻。本表列出了Microsoft Word、Pages、Apache OpenOffice / LibreOffice Writer、LaTeX編輯器Kile和LyX以及Google Docs的此類支持。其他程序能夠掃描RTF或其他文本格式，以查找隨後格式化的插入占位符。大多數參考文獻管理程序都支持將參考文獻複製/粘貼或拖放到任何文本編輯器中，但在此不作介紹。

軟件	Windows版Word	Mac版Word	在線版Word	Pages	Apache OpenOffice / LibreOffice	Kile/LyX	Google Docs	RTF scan[i]	其它
Bebop	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibBase	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibDesk	否	否	否	否	否	是	否	是	用戶自定義腳本
BibSonomy	否	否	否	否	否	否	否	否	無
Bookends	是	是	否	是	是	否	否	是	Mellel（英語：Mellel）、Nisus（英語：Nisus Writer）
Citavi	是	是	否	否	僅適用於6.0之前的版本	是[33]	否	僅適用於6.0之前的版本	LaTeX編輯器Texmaker、TeXnicCenter（英語：TeXnicCenter）、TeXstudio、TeXworks（英語：TeXworks）、WinEdt、WinShell（英語：WinShell）
EndNote	是	是	否	是	否[34]	否	否	是	否
JabRef	是[35]	?	?	?	是[36]	是	否	?	Emacs、Texmaker、TeXstudio、Vim、WinEdt
KBibTeX	否	?	?	?	否	是	否	?	無
Mendeley	是	部份[j]	是[37]	否	是	否	否	?	NeoOffice
Paperpile	是	是	否	否	否	否	是	否	否
Papers	是	是	是[38]	是[39]	是	否	是	否	Manuscripts app、Scrivener（英語：Scrivener (software)）、Ulysses（英語：Ulysses (text editor)）
Pybliographer	否	?	?	?	是	是	否	?	無
refbase	否	?	?	?	是[40]	否	否	是	PIRA、MediaWiki、SPIP（英語：SPIP）
RefDB	否	?	?	?	否	否	否	否	無
RefWorks	是	是	否	否	否	否	是	是	無
Wikindx	否	否	否	否	否	否	否	否	集成式所見即所得文字處理器（HTML和RTF輸出）
Zotero	是	是	否	否	是	(與LyZ）[41]	是	是	多種格式[42]

數據庫連接性

本表列出了參考資料管理器可以導入的學術數據庫和搜索引擎（英語：List of academic databases and search engines）。在某些情況下，可以直接在參考資料管理器中進行搜索和檢索。在其他情況下，小書籤或Firefox擴展程序將允許對網站進行抓取（英語：Data_scraping#Screen_scraping）。

軟件	ArXiv	CiteSeer	IEEE Xplore	PubMed	Unpaywall（英語：OurResearch#Unpaywall）[k]	其它
Bebop	否	否	否	否	否	否
BibBase	否	否	否	否	否	DBLP、Zotero、BibSonomy（英語：BibSonomy）、Mendeley
BibDesk	是	是	否	是	否	ACM、JSTOR、DBLP、Google Scholar、Web of Science、任何Z39.50（英語：Z39.50）或Entrez等。
BibSonomy	是	是	是	是	否	多種格式[43]
Bookends	是	否	否	是	否	Web of Science、亞馬遜、谷歌學術、Z39.50（英語：Z39.50）
Citavi	是	是	是	是	否	WorldCat/OCLC、Ovid Technologies（英語：Ovid Technologies）、EBSCO Industries（英語：EBSCO Industries）、ProQuest、Web of Science、Z39.50（英語：Z39.50）(4500+在線資源)、SRU（英語：Search/Retrieve via URL）。根據要求還將添加更多目錄。瀏覽器插件（Firefox、Chrome、Internet Explorer）支持DOI查找、ISBN查找、PubMed ID查找、PMCID查找、arXiv ID查找、COinS（英語：COinS）以及從維基百科導入。.
EndNote	是	否	是	是	否	多種格式[44]任何Z39.50（英語：Z39.50）
JabRef	是	是	是	是	是[45]	ACM、Crossref、DBLP、DOAJ（英語：Directory of Open Access Journals）、DOI、GVK、Google Scholar、INSPIRE-HEP（英語：INSPIRE-HEP）、MEDLINE、MathSciNet、Astrophysics Data System、Springer Publishing（英語：Springer Publishing）和Zentralblatt MATH
KBibTeX	是	是	是	是	否	BibSonomy（英語：BibSonomy）、CiteBase、CSB（英語：Collection of Computer Science Bibliographies）、DBLP、Google Scholar、ScienceDirect、INSPIRE-HEP（英語：INSPIRE-HEP）、Z MATH、Z39.50（英語：Z39.50）
Mendeley	是	是	是	是	否	多種格式[46]
Paperpile	是	否	是	是	是	Google Scholar, INSPIRE-HEP（英語：INSPIRE-HEP）, ACM, Jstor, Web of Science
Papers	是	否	是	是	否	微軟學術、谷歌學術
Pybliographer	否	否	否	是	否	無
refbase	是	否	否	是	否	DOI查詢
RefDB	是	否	否	是	否	任何Z39.50（英語：Z39.50）
RefWorks	否	否	否	是	否	多種格式
Wikindx	否	否	否	是	否	谷歌學術索引元數據
Zotero	是	是	是	是	是[47]	多種格式[48]

密碼「保護」和網絡版本

有些參考管理器提供網絡功能（N/A，不可用，表示產品沒有網絡功能，而「否」表示產品有網絡功能，但缺乏已實施的功能）。輕型目錄訪問協議（LDAP）是一種開放的、供應商中立的行業標準應用層，用於通過網際協議（IP）網絡訪問和維護分布式目錄服務。^[49]

軟件	密碼	LDAP	聯網
			特定用戶權限[l]	同時寫入訪問
Bebop	否	?	不適用	不適用
BibBase	不適用	?	不適用	不適用
BibDesk	是	?	否	否
BibSonomy	是	?	是	是
Bookends	?	?	?	?
Citavi	是[m]	?	是	是
EndNote	是	?	否[n]	否[n]
JabRef	否	?	否	部份
KBibTeX	否	?	不適用	不適用
Mendeley	是[o]	?	是	是
Paperpile	是[p]	?	是	是
Papers	是	?	是	是[50]
Pybliographer	?	?	?	?
refbase	是	?	是	是
RefDB	是	?	是	是
RefWorks	是	?	?	是
Wikindx	是	是	是	是
Zotero	是[q]	?	是	是

已停用軟件

軟件	開發者	首次公開發行	最新穩定版發布日期	最新穩定版本	費用（美元）	自由軟件	許可	備註
Biblioscape（英語：Biblioscape）	CG Information	1997	2015-06-22	10.0.3.6	US$79-299[a]	否	專有	ODBC；專業版中的網絡訪問；可選的客戶端/服務器；已停用？
Bibus（英語：Bibus）	Bibus開發者	2004-06-03	已停用	1.5.1	免費	是	GNU GPL
CiteULike（英語：CiteULike）	Oversity Limited	2004-11	於2019-03-30關閉[51]		免費	否	Proprietary[r]	中央託管網站
colwiz（英語：colwiz）	colwiz Ltd	2011	2016-05-09		免費 / 在線免費存儲空間最高達3GB / 可提供額外存儲空間	否	專有	現在與wizdom.ai合併
Qiqqa（英語：Qiqqa）	Qiqqa	2010-04	2020-10-04	v80	免費	是	GNU GPL	從2020年底開始開放源代碼
Reference Manager（英語：Reference Manager）	湯森路透	1984	2010	12.0.3	不再出售，2015年12月31日停止銷售	否	專有	網絡版；內置網絡發布工具；已停用
Referencer（英語：Referencer）	Referencer開發者	2008-03-15	已停用	1.2.2	免費	是	GNU GPL	BibTeX前端
RefME（英語：RefME）	RefME	2014	2017年關閉		免費	否	專有	網絡、iOS和安卓；提供Chrome和Safari擴展；已停用
SciRef（英語：SciRef）	Scientific Programs	2012	2020-07-30	1.6.2	US$38.90 / 免費試用版	否	專有
Sente	Third Street Software, Inc.	2004	2017年關閉	6.7.9	US$60–80[a] / 免費提供給不超過 100 個參考資料的圖書館	否	專有	台式機和iPad，集中備份/同步；已停用
WizFolio	WizPatent	2008-06	2017年關閉	Avatara	US$25 / 免費基本版	否	專有	中央託管網站；已停用
Papyrus	Research Software Design	1991年之前	1997	7.0.17 for DOS/Windows and 8.0.12 for Mac OS	免費	是	未知	自2004年1月起免費