長枝吸引效應

在系統發生學中，長枝吸引效應（英語：Long branch attraction, LBA），意指在分析物種演化歷史或親緣關係時，實際遠緣的譜系（即具有長枝者）被誤分群在一起的現象^[1]。該效應形成的原因一般為某一譜系在歷史上發生了大量遺傳或形態層面的變化（在系統樹上表現為較長的枝長），表面上與其它積累變化數較多的長枝相似，致使建樹軟件錯誤地僅以枝長為依據將譜系推斷為關係較近。長枝往往傾向於聚類在系統樹的基部，因為用於代表外群的譜系通常也具有較長的枝。

在各種系統發生推斷方法中，由於最大簡約法的原理是單憑相對性狀變化數量來推斷親緣關係，因此長枝吸引常被視為最大簡約法的缺陷。舉例而言，在依據DNA序列的分析中，當序列經由快速演化而產生兩個（或多個）支系時，將會產生問題。核苷酸僅四種（A, T, C, G），當DNA置換率高時，兩個支系在同一位點演化出相同核苷酸的機率會增加;當發生這種情況時，簡約法會錯誤地將趨同演化解釋為衍徵。對於這種情況，一種解決策略是可通過增加樣本來打斷長枝，或改用演化速率（英語：Rate of evolution）在所選類群間相對接近的分子標記來修正在同一位點多次置換的問題。^[2]但長枝吸引也可能由其他多種因素引起，真正意義上的長枝吸引所發生的頻率尚不明確且存在爭議，且該現象可能發生在任意推斷方法下^[1][3][4]。在建樹所涉及的類群總體分化程度較大時，長枝容易形成，長枝吸引所造成的偏差也更為常見。有時，長枝吸引現象的發生意味着系統發生關係推斷結果可能不準確，例如採用不同數據類型，不同的序列分區方式，或是不同的演化模型（英語：Substitution model）可能會導致長枝在樹上的位置改變。^[5] 也有一些觀點認為其不可檢驗，因此在經驗系統發育推斷中無關緊要^[6]。