DOCK

此條目介紹的是一款分子對接程序。

• 關於「dock」的中文含義，請見「碼頭」。
• 關於Mac OS中的應用啟動器，請見「Dock (MacOS)」。

UCSF DOCK是由歐文「塔克」孔茨（英語：Irwin "Tack" Kuntz）小組於20世紀80年代開發的首個分子對接程序。^[1]DOCK使用幾何算法來預測小分子的結合模式。^[2][3][4] 布賴恩·肖切特（Brian K. Shoichet）、戴維·凱斯（David A. Case）、羅伯特·里佐（Robert C.Rizzo）是該軟件的開發者。

DOCK

原作者	Brian K. Shoichet David A. Case Robert C.Rizzo
開發者	加州大學舊金山分校
首次發布	1982年，​43年前​（1982）
當前版本	DOCK 3：3.8 DOCK 6：6.12
編程語言	DOCK 3：Fortran、C語言 DOCK 6：C++、C語言、Fortran 77
操作系統	DOCK 3：源代碼 DOCK 6：Linux、macOS、Windows
平台	x86、x86-64
文件大小	100 MB
語言	英語
類型	分子對接（英語：docking (molecular)）
許可協議	專有: 對學術機構免費 對行業組織收費
網站	dock.compbio.ucsf.edu
數據截至	2024-10-04

小組目前正在開發DOCK 3和DOCK 6兩個版本的程序。

DOCK使用的配體採樣方法包括：

• 剛性對接：形狀匹配，使用放置在袋中的微球並對這些微球和分子進行二分圖匹配（所有版本）。
• 自由配體使用錨點和增長算法（DOCK 4-6）^[5]、數據庫的層次對接（DOCK3.5-3.8）進行計算。^[6][7]

戴維·凱斯小組在DOCK 6的打分函數AMBER score中加入了分子動力學引擎。這一功能考慮到了受體的靈活性，並允許在分子對接計算中按含能集成排序。^[8]

參見

• AutoDock（英語：AutoDock）
• 分子建模
• 分子力學建模軟件比較（英語：Comparison of software for molecular mechanics modeling）