分子力學
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分子力學採用經典力學來模擬分子體系。在分子力學中,使用分子力場方法計算出所有系統的勢能。分子力學可用於研究小分子,也可用於研究具有成千乃至上百萬原子數的大型生物系統或材料。
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全原子分子力學方法具有以下性質:
- 將每個原子模擬為單個粒子
- 每個粒子具有一個半徑值(通常為范德華半徑),極化率和一個恆定的淨電荷數(通常來自於量子計算和/或實驗)
- 將原子間互相成鍵作用模擬為「連線」,取平衡距離等於實驗或計算所得的鍵長
這個方法有幾個可能的變體。例如,許多模擬方法曾使用「原子團」模型(此模型將一個甲基基團或亞甲基單元視為單個粒子),而大型蛋白系統則通常使用「珠」模型(此模型將一個氨基酸視為二至四個粒子)進行模擬。