吉爾吉斯共和國國家最高管理機構為董事會。董事會由七名全職工作的成員組成，成員由國會選出再由吉爾吉斯斯坦總統任命[6]；
國家銀行總部由21個部門組成，在總部外還設有六個地區分行和一個駐巴特肯州代表處，分別為[7]：
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- 1、經濟部（英語：Economic Department）[8]
- 貨幣政策司（英語：Monetary Policy Division）
- 宏觀經濟分析與金融市場分析司（英語：Macroeconomic Analysis and Financial Market Analysis Division）
- 經濟研究中心（英語：Economic Research Center）
- 宏觀經濟建模組（英語：Macroeconomic Modeling Group）
- 2、貨幣市場運作部（英語：Monetary Operations Department）[9]
- 再融資與證券配售司（英語：Refinancing and Securities Placement Division）
- 國際儲備配置司（英語：International Reserves Placement Division）
- 交易業務司（英語：Dealing Operations Division）
- 3、金融統計審查部（英語：Financial Statistics and Review Department）[10]
- 金融統計司（英語：Financial Statistics Division）
- 國際收支與外債司（英語：Balance of Payment and External Debt Division）
- 統計基礎技術支持司（英語：Statistical Base Technical Support Division）
- 國家銀行出版物發行司（英語：Publications of the National Bank Issue Division）
- 4、外部監管部（英語：External Oversight Department）[11]
- 銀行外部監管司（英語：External Supervision Division of the banks）
- 非銀行金融機構外部監督司（英語：External Supervision Division of NBFIs）
- 綜合報告與分析司（英語：Consolidated Reporting and Analysis Division）
- 5、稽查部（英語：Inspection Department）[12]
- 銀行業巡檢司（英語：Banking Inspection Division）
- 非銀行金融機構巡檢司（英語：NBFIs Inspection Division）
- 評估司（英語：Evaluation Division）
- 6、監管法規及執照發放部（英語：Supervision Methodology and Licensing Department）[13]
- 監管方法研究司（英語：Supervision Methodology Division）
- 金融產品方法研究司（英語：Financial Products Methodology Division）
- 執照發放司（英語：Licensing Division）
- 7、安保和信息保護部（英語：Security and Information Security Department）
- 8、風險管控司（英語：Risk Control Division）
- 9、會計及呈報部（英語：Accounting and Reporting Department） [14]
- 金融市場清算司（英語：Financial Market Settlements Division）
- 金融報告與方法研究司（英語：Financial Reporting and Methodology Division）
- 綜合制賬司（英語：General Ledger Formation Division）
- 行政管理司（英語：Administration Division）
- 10、法律部（英語：Legal Department）
- 11、新聞中心（英語：Press-service）
- 12、內部審計事務人員（英語：Internal Audit Service）
- 13、管理和預算部（英語：Department of Management and Budget）[15]
- 規劃司（英語：Planning Division）
- 預算司（英語：Budgeting Division）
- 業務優化司（英語：Business Optimization Division）
- 人力資源開發司（英語：Human Resource Development Division）
- 人事司（英語：Personnel Division）
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- 14、支付系統部（英語：Payment Systems Department）[16]
- 支付系統方法研究與政策司（英語：Payment Systems Methodology and Policy Division）
- 支付系統檢查與控制司（英語：Payment Systems Oversight and Control Division）
- 支付系統分析與開發司（英語：Payment Systems Analysis and Development Division）
- 15、銀行清算部（英語：Bank Clearing Department）[17]
- 零售支付處理司（英語：Retail Payments Processing Division）
- 總額清算司（英語：Gross Settlements Division）
- 16、行政和後勤部（英語：Administration and Logistics Department）[18]
- 建築與維修司（英語：Construction and Repair Division）
- 大廈維修司（英語：Building Maintenance Division）
- 電源工程事務人員（英語：Power Engineering Service）
- 採購司（英語：Procurement Division）
- 運輸支持事務人員（英語：Transportation Support Service）
- 娛樂中心（英語：Tolkun recreation center）
- 17、現金管理部（英語：Cash Management Department）[19]
- 專業技術司（英語：Expertise Division）
- 儲備庫（英語：Reserves Vault）
- 現金運輸事務人員（英語：Cash Messenger Service）
- 現金業務司（英語：Cash Operations Division）
- 廢舊紙幣回收組（英語：Group for worn out banknotes recycling）
- 18、銀行業自動化部（英語：Department of Banking Automation）[20]
- 自動化系統支持司（英語：Division of Support for Automated Systems）
- 信息系統司（英語：Information Systems division）
- 服務支持司（英語：Service Support division）
- 信息技術支持組（英語：IT Support Group）
- 19、項目執行部（英語：Project Implementation Unit）
- 20、董事會秘書處（英語：Board Secretariat）
- 21、文檔管理和通信部（英語：Documentation Management and Communications Department）[21]
- 文檔管控司（英語：Documentation Management and Control Division）
- 國家語言文字發展司（英語：State Language Development Division）
- 公共關係及禮賓司（英語：Public Relations and Protocol Division）
- 地區分行
- 代表處
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