核糖體DNA

核糖體DNA（Ribosomal DNA，rDNA）是一種DNA序列，該序列用於rRNA編碼。核糖體是蛋白質和rRNA分子的組合，翻譯mRNA分子以產生蛋白質的組件。如該圖所示，真核生物的rDNA包括一個單元段，一個操縱子，以及由NTS（英語：Non-transcribed spacer）、ETS（英語：ETS transcription factor family）、18S 核糖體RNA、ITS1（英語：ITS1）、5.8S rRNA、ITS2（英語：ITS2）和28S rRNA束組成的串聯重複序列。rDNA的還有另一個基因，由5S rRNA基因編碼，位於大多數真核生物的基因組中^[1]。5S rDNA序列也存在於果蠅的串聯重複序列^[1]。

真核rDNA序列的基因片段包含18S，5.8S和28S束，形成一個串聯重複集群；NTS（非轉錄間隔）、ETS（外部轉錄間隔）ITS（內轉錄間隔）1和2，從5'末端編號。

重複單元的序列同質性

在大型的rDNA序列，rDNA的重複單元之間的多態性非常低，這表明rDNA的串聯陣列通過協同進化演變^[1]。在對9種果蠅的5S串聯重複序列區域彼此進行比較後得出的結果表明，因這一區域插入和刪除較為頻繁，在5'端以及3'端兩側發現有保守序列^[2]。他們可能在DNA複製或通過基因轉換的過程中發生新合成鏈的滑移（英語：Replication slippage）^[2]。

序列趨異對系統發生學的解釋

ITS序列因為變異不影響核糖體的生成，所以遠端物種如人類和青蛙之間進行ITS束序列的比較是不恰當的^[3]，但這特性卻很適合在近親之間比較差異。當然反過來說，rDNA編碼區域的保守序列則允許遠端物種甚至在酵母和人類之間進行比較。人類的5.8S rRNA與酵母的5.8S rRNA具有75％的同一性^[4]。在姊妹種（英語：Sibling species）情況下比較包括在物種和系統發生學中的ITS束則比較順利^[5][6]。rDNA序列的不同編碼區重複序列通常表現出不同的進化速率。其結果是，這種DNA可以提供屬於全系統級別的物種的系統發生學信息^[7]。

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