遠緣雜交有可能將親本的優良性狀結合於雜種中，並產生雜種優勢，但常出現生殖隔離或雜種繼代困難現象。比如在中國古代即有驢和馬雜交獲得騾、氂牛與黃牛雜交獲得犏牛^[1]。比如用花生普通品種與珍珠豆型花生雜交，常出現生殖隔離問題^[2]。茶樹與茶梅雜交的「茶梅茶」常出現結實力差、種子生活力弱、發芽率低，採用混合授粉或體細胞雜交可克服遠緣雜交親和力低的缺點，此外還有用秋水仙素處理遠緣雜種形成異源四倍體^[3]。被譽為「中國小麥遠緣雜交之父」的李振聲總結遠緣雜交主要存在三個方面的困難有：一是雜交不易成功；二是雜種後代一般不育；三是雜種性狀分離大、時間長、不易穩定^[4]。