種系發生學
研究生物之间的亲缘关系和演化规律的学科 / 維基百科,自由的 encyclopedia
系統發生學(英語:phylogenetics)又稱種系發生學、譜系發生學、親緣關係學,簡稱譜系學或發生學,是研究及推理生物個體或群體(例如物種或種群)間演化史及關係的科學方法,屬於系統分類學[註 1]的一部分。
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系統發生學的推理方法,通常在性狀演變的特定模型下,評估可觀察到的遺傳性狀(例如DNA序列或生物形態)來「假定」這些生物間的關係。這種分析推理方法的結果,就是系統發生(phylogeny)[註 2],也稱為系統發生樹(phylogenetic tree)——可顯示一群生物演化史的關係圖解假說[3]。系統發生樹的尖端可以是生物體或化石,且代表演化譜系中的現今生物或「末端」生物。
利用系統發生學來分析種系的基本原則是:兩個演化支具有「相同的性狀狀態」是它們對於「共有祖先同一狀態」的保留;而現存生物的性狀就是演化史的紀錄,可作為重建演化史的依據。由系統發生分析的原則,建構了支序分類學的基本邏輯;而系統發生分析已成為理解生物多樣性、演化、生態學和基因組的核心。
系統發生學這個概念不單止用於生物種系的發生與發展,還會用在系統分類學各個層面的分類單元上面。它也會被用到某一性狀在種系發生過程中的演化這一方面。