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假單胞菌界
细菌的一界 来自维基百科，自由的百科全书
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假單胞菌界[4]（學名：Pseudomonadati）是一個包含大約三分之一原核生物物種的一個界，其中大部分及其親屬是革蘭氏陰性細菌[3]。它是更大的細菌界——芽孢桿菌界的近親，而芽孢桿菌大多是革蘭氏陽性細菌[5][3]。
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名稱
該細菌界的同義詞（異名）「Hydrobacteria（水生細菌）」，其中「hydro」為「水」的意思，指的是這些物種共同祖先所處的潮濕環境。相比之下，芽孢桿菌界的物種則適應陸地生活。[5][3]自2024年起，該群體唯一有效發布的名稱是假單胞菌界（Pseudomonadati），以前沒有這個名稱，因為在早期版本的原核生物法典中，門以上的級別不可能存在。[6]
1978年，吉本斯（Gibbons）和默里（Murray）描述了「Gracilicutes」（細長菌界／門），[7]有時也用它來代替假單胞菌界（Pseudomonadati）。然而，「細長菌」包含了藍細菌（芽孢桿菌界的一個成員），並且不屬於現在普遍接受的三域系統。[7]近期，有人提出了對「細長菌」的重新定義，[8]但該定義並未包含分子系統發育學或統計分析。此外，該定義也未遵循三域系統，而是聲稱真核生物+古菌的譜系嵌套在細菌中，是放線菌門的近親，而任何分子系統發育學都不支持這一譜系。
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進化
據推測，假單胞菌[界]和芽孢桿菌[界]在大約30億年前分化，這表明當時陸地（大陸）已被原核生物佔領。[3]
系統發育和分類學
它們包括這些總門和門：酸桿菌門、產水菌門、蛭弧菌門、彎曲桿菌門、脫鐵桿菌門、依賴菌門（Dependentiae）、脫硫桿菌門、脫硫單胞菌門（Desulfuromonadota）、難得菌門、FCB總門、粘球菌門、硝化螺旋菌門、變形菌門（假單胞菌門）、PVC總門和螺旋體門。[9][10]
一些無根源的分子系統發育分析並不支持這種芽孢桿菌界和假單胞菌界的二分法，[11][12]但最近的基因組分析，[9][10]包括那些專注於建立系統發育樹的分析[9]發現這兩組是單系的（單係指一組生物源自共同的進化祖先或祖先群體，尤其是不與其他任何群體共享的群體）。
假單胞菌界和芽孢桿菌界共同形成一個大進化枝，包含截至2009年已知的97%的原核生物和99%的所有細菌種類，巴蒂斯圖齊（Battistuzzi）和赫奇斯（Hedges）將它們放置在擬議的分類單元Selabacteria（光細菌）中，以暗示它們的光養能力（希臘語σέλας；羅馬化：sélas，詞語為「光」的意思）。[13]目前，對於假單胞菌界和芽孢桿菌界之外的細菌門，從而證明Selabacteria分類單元的合理性存在爭議，並且可能包括或不包括梭桿菌（梭桿菌界，Fusobacteriati）。[9][10]
細菌領域內兩個主要分支（假單胞菌界和芽孢桿菌界）的定義主要來自於基因組的根源性系統發育分析。[5][3][9][10]非根源性分析並未完全支持這一划分，[12][11]該分析提醒人們，根源性生命樹狀圖的重要性。
近期兩次細菌系統發育分析均支持假單胞菌界和芽孢桿菌界的劃分。[9][10]然而，他們對細胞壁的進化有不同的解釋，一個人得出結論，細菌的最後共同祖先是革蘭氏陽性細菌，[9]而另一個人則得出結論，它是革蘭氏陰性細菌。[10]下面的樹狀圖是從最近的兩項研究中重新繪製的，[9]顯示了細菌門和總門（超門）的系統發育，其中梭桿菌的位置尚未確定，DST是芽孢桿菌界的最近親屬：
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根據科爾曼（Coleman）等人2021年的研究，繪製了細菌門和總門的系統發育圖。在該研究中，假單胞菌界被稱為「細長菌」（Gracilicutes）。
參考文獻
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