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G蛋白偶聯受體數據庫
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GPCRdb數據庫是G蛋白偶聯受體(GPCR)的主要數據存儲庫。它整合了各種用於GPCR分析的網頁工具和圖表,並存儲了通過PDB(蛋白質數據庫)發布的所有GPCR晶體結構的註釋信息,擁有最大的受體突變體和參考序列比對集合。用戶可在GPCRdb主頁上使用一系列工具,通過網頁瀏覽器分析結構、序列相似性、受體關係、同源模型、藥物趨勢、遺傳變異和配體靶點譜。圖表則以蛇形圖和螺旋盒圖的形式展示受體序列及其關係(系統發育樹)。
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背景與發展
據GPCRdb的創建者之一 Gert Vriend 稱,該資源最初是這樣創建的:
GPCRdb 的創建始於 20 世紀 90 年代初,當時 Bob Bywater、Ad IJzerman、Friedrich Rippmann 和 Gert Vriend 在歐洲分子生物學實驗室 (EMBL) 組織了一系列小型 GPCR 研討會。在第一批瀏覽器出現之前,GPCRdb 作為一個自動電子郵件應答系統運行,可以向用戶發送序列、比對和同源模型。1994年,互聯網以現在的形式穩固發展,並從歐盟第四框架計劃獲得了資金來建立 GPCRdb。Florence Horn 加入了我們,參與這個項目。在她結束為期四年的博士後研究離開時,GPCRdb 已穩固確立了其作為 GPCR 數據主要信息來源的地位。 [2]
二十多年來,GPCRdb 已發展成為一個集數據存儲和分析於一體的綜合信息系統。2013 年,GPCRdb 的管理權移交給了哥本哈根大學 David Gloriam 的研究團隊,並得到了來自歐盟 COST 行動「 GLISTEN 」的國際貢獻者和開發人員團隊的支持。GPCRdb 為研究 GPCR 功能、藥物設計或進化的多學科領域的用戶提供參考數據、易於使用的網絡工具和圖表,並積極參與歐洲信號轉導研究網絡 ( ERNEST )。
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內容和功能
在gpcrdb.org上可以一窺 GPCRdb 的主要功能概覽。
GPCRdb瀏覽系統基於以下最相關的類別構建:
在各個類別下,還可以找到專門的數據和工具的子類別。
未來方向
作為由歐洲研究委員會和倫德貝克基金會分別資助的兩個孤立的GPCR項目的一部分(互聯網檔案館的存檔,存檔日期2016-03-06.) GPCRdb數據庫將存儲數據並開發用於識別內源性和替代性GPCR配體的計算工具。GPCRdb旨在促進GPCR結構、功能和配體設計領域的新進展。它與GuideToPharmacology數據庫交叉連結,並採用了NC-IUPHAR官方受體命名法,同時與GPCR伺服器進行數據交換。(互聯網檔案館的存檔,存檔日期2015-09-08.)此外,GPCRdb近期也加入了GPCR聯盟,旨在生成數量空前的晶體結構。我們歡迎並鼓勵學術界和工業界的團體與GPCRdb聯繫,提出合作開發或數據存儲方面的建議。
參見
參考文獻
外部連結
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