内环结构
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内环结构(Internal loop)是一种RNA的高级结构,是RNA双链中两条链上对位的核苷酸残基的碱基无法配对产生的膨起环。内环分为对称和不对称两种。其中,对称的内环是两条链上对位的核苷酸残基同时膨起产生的,而不对称的内环结构中,只有一条链上有几个核苷酸残基膨起。对称内环结构不是很稳定,一般只出现在RNA分子的移动过程中。而不对称内环相对稳定。在核糖体RNA(rRNA)中就有较丰富的内环结构[1][2]。
内环结构和茎环结构(发卡结构)的区别在于,内环结构出现在RNA双链的内部,“环”两端都是闭合双链。而茎环结构的“环”出现在双链的一端[2][1]。
内环可分为对称或不对称,其中一些不对称的内环也称为凸起(bulge)。 许多重要的结构图案均由内环组成,例如 C-环[3]、 对接弯头(the docking-elbow)[4]、 扭结转弯(k 转弯)(kink-turns, k-turn)[5][6]、 直角[7]、 sarcin/ricin 环(也称为为凸起-G, bulged-G 基序)[8][9][10]、 扭曲基序[11]、 和UAA/GAN 内环基序[12]。