拟杆菌门（Bacteroidota，旧名 Bacteroidetes）[1]包括三大类细菌，即拟杆菌纲、黄杆菌纲、鞘脂杆菌纲。它们的相似性体现在核糖体16S RNA。
很多拟杆菌纲的细菌种类生活在人或者动物的肠道中，有些时候成为病原菌。在粪便中，以细胞数目计，拟杆菌属是主要微生物种类。
黄杆菌纲主要存在于水生环境中，也会在食物中存在。多数黄杆菌纲细菌对人无害，但脑膜脓毒性金黄杆菌(Chryseobacterium meningosepticum)可引起新生儿脑膜炎。黄杆菌纲还有一些嗜冷类群。
鞘脂杆菌纲重要类群为噬胞菌属(Cytophaga)，在海洋细菌中占有较大比例，可以降解纤维素。
下属分类
本科包括以下属：
参见
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