核酸内切酶(英语:endonuclease)在核酸水解酶中,为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶,与核酸外切酶相对应。从对底物的特异性来看,可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶;RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般来说,大都不具碱基特异性,但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。其中的限制内切酶又称限制酶,可切割特定的DNA位置。
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