比较基因组杂交
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比较基因组杂交(英语:Comparative genomic hybridization,CGH)是一种分子细胞遗传学方法,在不培养细胞的情况下,分析相对于参照样品,测试样品的DNA中拷贝数变异(英语:Copy-number variation)(CNV)的多倍性程度。其目的是快速有效地比较两个来源的两组DNA样本,这两组DNA通常是密切相关的,因为两者在整个染色体或亚染色体区域(整个染色体的一部分)上都可能有获得或丢失。该技术最初是为了评估实体瘤和正常组织的染色体互补差异而开发的[1],相比更传统的Giemsa显带技术和荧光原位杂交技术(FISH)(受限于所使用的显微镜分辨率),它的分辨率提高到了5-10Mb[1][2][3]。
这项技术是通过竞争性荧光原位杂交实现的。简言之,从待比较的两个样品(通常是测试和参照样品)中分离DNA,用不同颜色(通常是红色和绿色)的荧光团(荧光分子)分别标记两组DNA样品, 变性DNA使其成为单链,再将两组的1:1混合物与正常中期染色体进行杂交,并且结合在原位。然后使用荧光显微镜和计算机软件,纵向比较杂交染色体荧光信号的着色差异,以鉴别两组的染色体差异。杂交染色体特定区域中的测试样品颜色较强,表示测试样品中该区域有获得,而参照样品颜色较强表示测试样品中有丢失。中性色(黄色,当同时标记红色和绿色)则表示两个样品在该区域没有差异[2][3]。
CGH只能检测不平衡的染色体异常,这是因为平衡的染色体异常(例如易位、倒位或环状染色体)不影响拷贝数。不过CGH确实能够在单次测试中探测全部46条人类染色体,并且可以发现缺失和重复,甚至在微观尺度上,可以再用其他细胞学技术进一步鉴定候选基因[2]。
通过结合CGH技术和DNA微阵列,已经开发出更特效的阵列CGH(aCGH),它可以逐点检测CNV,分辨率精确到100kb(千碱基)[4][5]。这种改进的技术可以发现已知和未知的致病位点。