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Entrez

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Entrez标志
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Entrez全局查询跨数据库搜索系统是一个联合搜寻英语Federated search引擎。它能让使用者能一次搜寻NCBI网站上的许多不同的健康科学数据库[1]。该数据库能快速搜寻蛋白质的一级结构、高级结构,以及相关的参考资料。Entrez系统同时还提供基因的序列信息以及染色体定位。另外,可以从Entrez系统上获取一些教材。其名称“Entrez”(源自法语,意思为“进来吧!”)旨在表现该数据库欢迎公众搜寻NLM(国家医学图书馆)的内容的热情。

数据库

Entrez会在下列数据库中进行搜寻:

  • PubMed
  • PMC(PubMed Central免费获取PubMed上的文章全文)
  • 站点搜寻:NCBI网页以及FTP
  • 在线图书
  • 人类孟德尔遗传学 (OMIM)
  • 核酸序列数据库 (GenBank)
  • 蛋白质序列数据库
  • Genome:人全基因组序列以及染色体定位
  • Structure:大分子三维结构
  • Taxonomy: GenBank中生物的分类学
  • SNP:单核苷酸多态性
  • Gene:[2]基因以及相关信息
  • HomoloGene:真核生物同源群
  • PubChem 小分子化学结构
  • PubChem Substance(PCS): 化学物质信息
  • 基因组计划:基因组计划信息
  • UniGene:转录序列的基因导向簇
  • CDD英语Conserved domain database:保守的蛋白质结构域数据库
  • PopSet:群体研究资料集(流行病学)
  • GEO Profiles:基因表现以及表现水平的数据
  • GEO DataSets: GEO数据的实验数据集
  • Sequence read archive(序列读取存盘):高通量测序数据
  • Cancer Chromosomes(癌症染色体):细胞遗传学数据库cytogenetic databases
  • PubChem BioAssay(PubChem生物测定):化学物质的生物活性背景bioactivity screens of chemical substances
  • Probe:序列特异性试剂
  • NLM Catalog: NLM目录,包括总数达120万的期刊、图书、多媒体资料、计算机软件、电子资源,以及其他一些LocatorPlus上的资源,每周都会更新。

使用

除了直接使用Entrez搜寻全局资料外,NCBI还提供了Entrez的编程工具[3](eUtils)。使用这个工具能得到更精确的结果。

历史

1991年,Entrez数据库以CD的形式开始运作。1993年,Entrez建立了因特网上的数据库。1994年,NCBI建立了网站,Entrez也自然成为网站的一部分。2001年,Entrez暑假上线。2003年,NCBI开发了Entrez基因数据库[4]

参考

  1. ^ NCBI Resource Coordinators. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research. 2012, 41 (Database issue): D8–D20. PMC 3531099. PMID 23193264. doi:10.1093/nar/gks1189. 
  2. ^ Home - Gene - NCBI. 
  3. ^ Entrez Utilities. 
  4. ^ Smith, Kent. A Brief History of NCBI’s Formation and Growth. The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. [3 May 2014]. 

外部链接

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