长枝吸引效应

在系统发生学中，长枝吸引效应（英语：Long branch attraction, LBA），意指在分析物种演化历史或亲缘关系时，实际远缘的谱系（即具有长枝者）被误分群在一起的现象^[1]。该效应形成的原因一般为某一谱系在历史上发生了大量遗传或形态层面的变化（在系统树上表现为较长的枝长），表面上与其它积累变化数较多的长枝相似，致使建树软件错误地仅以枝长为依据将谱系推断为关系较近。长枝往往倾向于聚类在系统树的基部，因为用于代表外群的谱系通常也具有较长的枝。

在各种系统发生推断方法中，由于最大简约法的原理是单凭相对性状变化数量来推断亲缘关系，因此长枝吸引常被视为最大简约法的缺陷。举例而言，在依据DNA序列的分析中，当序列经由快速演化而产生两个（或多个）支系时，将会产生问题。核苷酸仅四种（A, T, C, G），当DNA置换率高时，两个支系在同一位点演化出相同核苷酸的几率会增加;当发生这种情况时，简约法会错误地将趋同演化解释为衍征。对于这种情况，一种解决策略是可通过增加样本来打断长枝，或改用演化速率（英语：Rate of evolution）在所选类群间相对接近的分子标记来修正在同一位点多次置换的问题。^[2]但长枝吸引也可能由其他多种因素引起，真正意义上的长枝吸引所发生的频率尚不明确且存在争议，且该现象可能发生在任意推断方法下^[1][3][4]。在建树所涉及的类群总体分化程度较大时，长枝容易形成，长枝吸引所造成的偏差也更为常见。有时，长枝吸引现象的发生意味着系统发生关系推断结果可能不准确，例如采用不同数据类型，不同的序列分区方式，或是不同的演化模型（英语：Substitution model）可能会导致长枝在树上的位置改变。^[5] 也有一些观点认为其不可检验，因此在经验系统发育推断中无关紧要^[6]。