Rf1病毒

蝙蝠冠状病毒Rf1（Bat SARS CoV Rf1/2004）是严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV）的一个病毒株，为SARS-CoV相关病毒，在中国湖北的马铁菊头蝠样本中发现，于2005年发表。

Rf1病毒
病毒分类
（未分级）：	病毒 Virus
域：	核糖病毒域 Riboviria
界：	正核糖病毒界 Orthornavirae
门：	小核糖病毒门 Pisuviricota
纲：	小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目：	套式病毒目 Nidovirales
科：	冠状病毒科 Coronaviridae
属：	乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属：	SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：	Rf1病毒 SARSr-CoV
毒株：	Rf1病毒 Rf1

发现

2004年3月至11月，研究人员在中国广东、天津、广西与湖北四省市采集蝙蝠样本，在湖北宜昌马铁菊头蝠的粪便样本中发现SARS相关病毒，即Rf1病毒，于2005年和Rp3病毒与Rm1病毒一起被发表^[1]。

基因组

Rf1病毒的基因组长29709nt^[2]，序列与SARS-CoV的相似度为87.8%^[3]，其ORF8和人类以外的大多数SARSr-CoV一样有一段长29nt的插入序列，为一完整的开放阅读框，人类的ORF8则因缺少此序列而被分成8a与8b两个较小的开放阅读框。Rf1与人类SARS病毒ORF8辅助蛋白大小完全相同（由122个氨基酸组成），两者氨基酸序列相似度为80%，相较之下Rp3与Rm1和SARS-CoV的ORF8氨基酸序列相似度仅有35%，但在刺突蛋白的S1区域，Rf1与Rp3及Rm1的关系比与SARS-CoV的关系接近，显示这些病毒曾有基因重组发生^[1]。另外Rf1与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）^[4]。

演化树

截至2021年1月 (2021-01)^[update]，SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树：

	16BO133 与SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韩国全罗北道 （2016年采集、2019年发表）[5]         Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中国湖北宜昌 （2004年采集、2005年发表）[1]     BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中国广东 （2004年采集、2005年发表、2010年又发表若干新病毒株）[6]         LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中国云南保山 （2011年采集、2014年发表）[7]       Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中国广西南宁 （2004年采集、2005年发表）[1]       SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 （2013年采集、2015年发表）[4]     SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 （2013年采集、2015年发表）[4]             SHC014 95.4 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 （2011年采集、2013年发表）[8]     WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 （2012年采集、2013年发表）[8]       WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 （2013年采集、2016年发表）[3]         果子狸SARS冠状病毒 99.8 % · 果子狸 · 中国广东[6]     SARS-CoV 100 %
	SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒

  果子狸病毒

  人类病毒