視窗系統(英語:windowing system)是以使用視窗作爲主要特徵之一的圖形使用者介面的構成元件。更為明確地說,它是桌面環境的構成元件。視窗系統支撐著視窗管理員的實作(implementation);視窗系統為「圖像硬體(graphics hardware)、指向裝置(pointing devices)提供基本支援。繪製滑鼠游標,一般也與視窗系統相關。
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從程式設計師的觀點來看,視窗系統實作出繪圖的基本單位,像是字型繪製,或是在螢幕上劃線,有效地提供繪圖硬體的一種抽象概念。
視窗系統能讓電腦使用者同時讓數個程式工作。每個程式在他自己的視窗中執行,不互相干擾也就是螢幕上的矩形之中。大部份的視窗系統允許視窗重疊,且提供使用者執行標準的操作,像是移動/改變視窗尺寸,把視窗送到前景/背景,和最小化/最大化一個視窗。其他還有像是拉著視窗碰撞某個邊改變視窗尺寸等。
有些視窗系統,比如說X視窗系統,擁有先進的網路穿透效能力,允許使用者在遠端機器上執行圖形化的應用程式。