軍艦旗(FIAV符號:)是軍艦懸掛以表示所屬海軍的海上旗幟,同時亦表明了船隻的軍用身份,通常在艦尾或主桅懸掛。在航行及日出至日落的停泊期間均會懸掛軍艦旗。部分國家的海軍在作戰中往往會同時在桅杆上懸掛幾面船旗,因為傳統上認為降下船旗代表投降[1]。
根據《聯合國海洋法公約》第20條約定潛水船及其他水中航行機器,在沿岸國的領海時必須在海面上航行並懸掛起所屬的旗幟。對潛艇而言,如懸掛起軍艦旗則與其他軍艦無異,在沿岸國的領海時無損其通航權。
政府船隻(如海岸警衛隊)及商船另有設計商船旗,若干海軍另有制定艦艏旗,懸掛在艦艏。