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人類蛋白質體計劃
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人類蛋白質體計劃(Human proteome project,縮寫:HPP)[1]是由人類蛋白質體組織(HUPO)[2]協調的合作計劃,目標是通過實驗觀察所有從人類基因組轉譯序列產生的蛋白質。
歷史
人類蛋白質體組織已成為許多長期運行的蛋白質體學研究項目的協調機構,這些研究項目與臨床興趣的特定人體組織有關,如血漿[3],肝[4],腦[5],和尿[6]。它還負責與蛋白質大規模研究相關的具體技術[7]和標準[8]。
在科學文獻中,將平行於人類基因組計劃的一個更大項目的結構和目標被辯論[9][10][11][12][13]。經過2009年、2010年和2011年世界大會和一系列會議,人類蛋白質體組織將人類蛋白質體計劃分為兩個子項目C-HPP和B/D-HPP進行[14]。其中C-HPP將分成25工作組,每個人類染色體1個工作組。而B/D-HPP將按照蛋白質的生物學和疾病相關性進行分組[15]。
項目和工作組
當前設定的工作組列舉如下(取自www.c-hpp.org (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)),按照染色體順序排序。
計算資源
由Eric Deutsch領導的、美國西雅圖系統生物研究所(PeptideAtlas)的小組正在提供基於MS/MS的蛋白質體學結果的資料簡化、分析和驗證。與抗體方法相關的資料處理由在瑞典斯德哥爾摩的Kalle von Feilitzen(Human Protein Atlas)進行協調。在瑞士日內瓦SIB的Lydie Lane負責整體整合和報告資訊(NeXtProt)。生成的所有資料都存入ProteomeXchange資料庫,作為HPP貢獻的一部分。
現狀
正在進行的按照染色體為基礎的人類蛋白質體計劃是《蛋白質體研究雜誌》(Journal of Proteome Research)特刊(2014年1月3日,第13卷,第1期)的主題。整個項目的狀態是在該期上的社論討論[16]。
一個單獨的CHPP-維基 (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)已經被該項目的生物資訊學組建立維護當前項目的資訊,包括會議、活動、標準操作程式和其他特殊資源的個體染色體團隊。
與蛋白質觀察相關的置信水平的指標是本項目的關鍵組成部分。如何定義對所使用的各種實驗協議有意義的指標是正在進行的辯論的主題:目前的共識度量已經被發布[17]。
參閱
參考資料
外部連結
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