外囊菌亞門是子囊菌門中的一個比較原始的分支，本門中其他菌種基本是由其進化出的，最新的分子生物學研究證明其是單源種。[2][3]
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外囊菌亞門
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| 被桃縮葉病菌 （Taphrina deformans ）感染的桃樹葉
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科學分類 
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真菌界 Fungi
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| 門：
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子囊菌門 Ascomycota
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| 亞門：
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外囊菌亞門 Taphrinomycotina
O.E. Erikss. & Winka 1997[1]
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| 綱
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- 古根菌綱 Archaeorhizomycetes
- 粒毛盤菌綱 Neolectomycetes
- 肺孢子菌綱 Pneumocystidomycetes
- 裂殖酵母綱 Schizosaccharomycetes
- 外囊菌綱 Taphrinomycetes
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外囊菌亞門的種類基本是寄生的，以菌絲或酵母方式寄生在植物的葉、枝或花蕾上，但沒有寄生於根部的。許多種類為植物的致病菌。
