程式名稱
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應用
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適用測序技術
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作者
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發表年份
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使用權限*
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連結
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ABySS
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(大型)基因組
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Solexa, SOLiD, Illumina
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Simpson, J. et al.
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2008
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NC-A
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link
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ALLPATHS-LG
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(大型)基因組
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Solexa, SOLiD
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Gnerre, S. et al.
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2011
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OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
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AMOS
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基因組
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Sanger, 454
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Salzberg, S. et al.
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2002?
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OS
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link
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Arapan-M
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(中型)基因組 (例. 大腸桿菌)
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均適用
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Sahli, M. & Shibuya, T.
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2011
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OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
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Arapan-S
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(小型)基因組(例. 病毒)
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均適用
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Sahli, M. & Shibuya, T.
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2011
|
OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Celera WGA Assembler / CABOG
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(大型)基因組
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Sanger, 454, Solexa
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Myers, G. et al.; Miller G. et al.
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2004
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OS
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link
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CLC Genomics Workbench & CLC Assembly Cell
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基因組
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Sanger, 454, Solexa, SOLiD, Illumina
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CLC bio
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2008
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C
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link Archive.today的存檔,存檔日期2013-08-21
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Cortex
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基因組
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Solexa, SOLiD
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Iqbal, Z. et al.
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2011
|
OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
DBG2OLC
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(大型)基因組
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Illumina, PacBio, Oxford Nanopore
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Ye, C. et al
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2014
|
OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
DNA Baser Assembler
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(小型)基因組
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Sanger, 454
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Heracle BioSoft SRL
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2017
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C
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www.DnaBaser.com
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DNA Dragon
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基因組
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Illumina, SOLiD, Complete Genomics, 454, Sanger
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SequentiX
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2011
|
C
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link
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DNAnexus
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基因組
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Illumina, SOLiD, Complete Genomics
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DNAnexus
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2011
|
C
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
DNASTAR Lasergene Genomics Suite
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(大型)基因組, 外顯子組(exome), 轉錄組(Transcriptome), 元基因組(metagenome), 表現序列標籤(ESTs)
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Illumina, ABI SOLiD, Roche 454, Ion Torrent, Solexa, Sanger
|
DNASTAR
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2007
|
C
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Edena
|
基因組
|
Illumina
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D. Hernandez, P. François, L. Farinelli, M. Osteras, and J. Schrenzel.
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2008
|
OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Euler
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基因組
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Sanger, 454 (,Solexa ?)
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Pevzner, P. et al.
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2001
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(C / NC-A?)
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link
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Euler-sr
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基因組
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454, Solexa
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Chaisson, MJ. et al.
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2008
|
NC-A
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link
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Fermi
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(大型)基因組
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Illumina
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Li, H.
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2012
|
OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Forge
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(大型)基因組, 表現序列標籤(ESTs), 元基因組(metagenome)
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454, Solexa, SOLID, Sanger
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Platt, DM, Evers, D.
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2010
|
OS
|
link
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Geneious
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基因組
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Sanger, 454, Solexa, Ion Torrent, Complete Genomics, PacBio, Oxford Nanopore, Illumina
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Biomatters Ltd
|
2009
|
C
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Graph Constructor
|
(大型)基因組
|
Sanger, 454, Solexa, SOLiD
|
Convey Computer Corporation
|
2011
|
C
|
link
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HINGE
|
基因組
|
PacBio/Oxford Nanopore
|
Kamath, Shomorony, Xia et. al.[9]
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2016
|
OS
|
Software (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館), Paper (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館), Analyses
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IDBA (Iterative De Bruijn graph short read Assembler)
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(大型)基因組
|
Sanger,454,Solexa
|
Yu Peng, Henry C. M. Leung, Siu-Ming Yiu, Francis Y. L. Chin
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2010
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(C / NC-A?)
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link[失效連結]
|
LIGR Assembler (derived from TIGR Assembler)
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基因組
|
Sanger
|
-
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2009
|
OS
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link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
MaSuRCA (Maryland Super Read - Celera Assembler)
|
(大型)基因組
|
Sanger, Illumina, 454
|
Aleksey Zimin, Guillaume Marçais, Daniela Puiu, Michael Roberts, Steven L. Salzberg, James A. Yorke
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2012
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly)
|
基因組, 表現序列標籤(ESTs)
|
Sanger, 454, Solexa
|
Chevreux, B.
|
1998
|
OS
|
link
|
NextGENe
|
(小型)基因組
|
454, Solexa, SOLiD
|
Softgenetics
|
2008
|
C
|
link
|
Newbler
|
基因組, 表現序列標籤(ESTs)
|
454, Sanger
|
454/Roche
|
2004
|
C
|
link
|
PADENA
|
基因組
|
454, Sanger
|
454/Roche
|
2010
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
PASHA
|
(大型)基因組
|
Illumina
|
Liu, Schmidt, Maskell
|
2011
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Phrap
|
基因組
|
Sanger, 454, Solexa
|
Green, P.
|
1994
|
C / NC-A
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
TIGR Assembler
|
基因組
|
Sanger
|
-
|
1995
|
OS
|
link[永久失效連結]
|
Trinity
|
轉錄組(Transcriptome)
|
Illumina, 454, Solid,...
|
Grabher, MG et al.[10]
|
2011
|
OS
|
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Ray[11]
|
基因組
|
Illumina, mix of Illumina and 454, paired or not
|
Sébastien Boisvert, François Laviolette & Jacques Corbeil.
|
2010
|
OS [GNU General Public License]
|
link Portuguese Web Archive的存檔,存檔日期2016-05-23
|
Sequencher
|
基因組
|
traditional and next generation sequence data
|
Gene Codes Corporation
|
1991
|
C
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
SGA
|
(大型)基因組
|
Illumina, Sanger (Roche 454?, Ion Torrent?)
|
Simpson, J.T. et al.
|
2011
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
SHARCGS
|
(大型)基因組
|
Solexa
|
Dohm et al.
|
2007
|
OS
|
link 美國國會圖書館的存檔,存檔日期2011-05-12
|
SOPRA
|
基因組
|
Illumina, SOLiD, Sanger, 454
|
Dayarian, A. et al.
|
2010
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
SparseAssembler
|
(大型)基因組
|
Illumina, 454, Ion torrent
|
Ye, C. et al.
|
2012
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
SSAKE
|
(小型)基因組
|
Solexa (SOLiD? Helicos?)
|
Warren, R. et al.
|
2007
|
OS
|
link
|
SOAPdenovo
|
基因組
|
Solexa, Illumina
|
Luo, R. et al.
|
2009
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
SPAdes
|
(小型)基因組, 單細胞測序(single-cell sequencing)
|
Illumina, Solexa, Sanger, 454, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore
|
Bankevich, A et al.
|
2012
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Staden gap4 package
|
細菌人工染色體定序(BACs)
|
Sanger
|
Staden et al.
|
1991
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Taipan
|
(小型)基因組
|
Illumina
|
Schmidt, B. et al.
|
2009
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
VCAKE
|
(小型)基因組
|
Solexa (SOLiD?, Helicos?)
|
Jeck, W. et al.
|
2007
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
Phusion assembler
|
(大型)基因組
|
Sanger
|
Mullikin JC, et al.
|
2003
|
OS
|
link
|
Quality Value Guided SRA (QSRA)
|
基因組
|
Sanger, Solexa
|
Bryant DW, et al.
|
2009
|
OS
|
link
|
Velvet
|
(小型)基因組
|
Sanger, 454, Solexa, SOLiD
|
Zerbino, D. et al.
|
2007
|
OS
|
link (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
|
使用許可*:OS = 開放原始碼(免費); C = 商業(付費); C / NC-A = 商業使用需付費,但非商業使用與學術研究用免費; 括弧 = 不明但可能是 C / NC-A
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