文獻管理軟體比較

以下列表比較文獻管理軟體，比較對象包括可能已不再受支援的舊版應用程式以及正在維護的軟體。

常用

在「備註」一欄，有以下分類：

• 基於網頁的應用程式，指安裝在網頁伺服器上的應用程式（通常要求MySQL或其他資料庫作後段，以及使用PHP、Perl、Python或者其他網頁程式語言以供前段存取程式使用）
• 中央代管網站

軟體	開發者	首次公開發行	最新穩定版本推出日期	最新穩定版本	價錢（美元）	是否為免費軟體	協定	備註
Bebop（英語：Bebop (software)）	ALaRI研究所（英語：Advanced Learning and Research Institute）	2007-11-08	2009-11-10	1.1	免費	是	BSD	基於網頁的BibTeX前端（Apache、PHP、MySQL）
BibBase（英語：BibBase）	Christian Fritz	2005	2013-07	v3	免費	否	專有	中央代管網站，用於發布網頁
BibDesk（英語：BibDesk）	BibDesk開發者	2002-04	2025-05-06	1.9.7[1]	免費	是	BSD	BibTeX前端+資源庫；基於Cocoa；與Spotlight整合
BibSonomy（英語：BibSonomy）	卡塞爾大學	2006-01	2024-01-08	4.1.0	免費	是	AGPL, GPL, LGPL[2]	中央代管網站
Bookends（英語：Bookends）	桑尼軟體	1988 (Mac) / 1983 (Apple II+)	2023-05-06	14.2[3]	US$59.99[a]	否	專有	通過iCloud同步桌面和iOS、整合網路搜尋、PDF下載、Word外掛程式、支援BibTex、將PDF注釋儲存為注釋
Citavi（英語：Citavi）	Lumivero	2006-02-13	2023-08-15	6.17.0.0	US$89-1947[b]	否	專有	資料可儲存在本地電腦上，也可儲存在Citavi雲或內網Microsoft SQL Server中，以便團隊訪問[4]；通過介面搜尋資料庫[5]
EndNote	科睿唯安	1988	2024-11-19	21.5[6]	US$299.95[a]	否	專有	網路版EndNote basicEndNote basic （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）（前身為EndNote Web）免費
JabRef	JabRef開發者	2003-11-29	2023-10-21	5.11	免費	是	MIT許可證	Java編寫的BibTeX及BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）管理器
KBibTeX（英語：KBibTeX）	KBibTeX開發者	2005-08	2020-04-26	0.9.2	免費	是	GNU GPL	BibTeX前端，使用KDE軟體編譯器
Mendeley	愛思唯爾	2008-08	2020	1.19.8	免費/免費線上儲存空間最高為2 GB/可提供額外儲存空間	否	專有軟體 (存在作業系統API客戶端)	需要註冊帳戶、安裝桌面和網路組件，提供Windows、Linux、macOS（非 macOS 11 Big Sur）客戶端
Paperpile（英語：Paperpile）	Stefan Washietl, Gregorgy Jordan, Andreas Gruber	2013	持續線上更新		學術類US$2.99/月，其他US$9.99/月	否	專有	網路應用程式，與Google Docs整合，具有協同運作和共享功能，目前僅支援Google Chrome瀏覽器
Papers（英語：Papers (software)）	ReadCube	2011-10	2023-04-04	v.4.35.2224	學生US$3/月，學者US$5/月	否	專有	網路應用程式、桌面（MacOS、Windows）、手機（iOS和Android）。Microsoft Word和Google文件外掛程式。瀏覽器擴充（Chrome、Firefox、Edge、Safari）
Pybliographer（英語：Pybliographer）	Pybliographer開發者	1998-10-30 (0.2)	2018-04-03	1.4.0	免費	是	GNU GPL	Python/GTK2
refbase（英語：refbase）	refbase開發者	2003-06-03	2014-02-28	0.9.6	免費	是	GNU GPL	基於網路的機構資料庫（英語：Institutional repository）/自我存檔（英語：Self-archiving）[7]
RefDB（英語：RefDB）	refdb開發者	2001-04-25	2022-02-13	1.0.3[8]	免費	是	GNU GPL	透明網路；XML/SGML文獻目錄
RefWorks（英語：RefWorks）	Ex Libris / ProQuest	2001	2022	4.6	機構訂閱	否	專有	基於網路、瀏覽器訪問、Word和Google文件
Wikindx（英語：Wikindx）	Mark Grimshaw, Stéphane Aulery	2003-02	2024-04-13	6.9.1	免費	是	ISC license	基於網路，適用於PHP和MySQL/MariaDB
Zotero	喬治梅森大學羅伊·羅森茨維格歷史與新媒體中心	2006	2025-03-16	7.0.15[9]	免費/線上儲存免費，最大為300 MB/可提供額外儲存空間	是	AGPL	多平台電腦版，擁有Firefox、Google Chrome和Safari的客戶端。還可通過Zotero.org或使用者電腦上的個人云資料庫資料夾（Google Drive、Dropbox等）訪問基於網路的參考資料庫。

作業系統支援

對於網路應用程式，此段描述了伺服器作業系統。對於專有的集中代管網站，則不適用。除非註腳中另有說明，否則任何客戶端-伺服器架構的作業系統都可以連接到Web服務。

軟體	Windows	macOS	Linux	ChromeOS	BSD	Unix	iOS	Android	Windows App
Bebop	是	是	是	?	是	是	否	否	否
BibBase	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	?	?	?
BibDesk	否	是	否	否	否	否	否	否	否
BibSonomy	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	?	?	?
Bookends	否	是	否	?	否	否	是	?	?
Citavi	是	否	否	否	否	否	否	否	否
EndNote	是	是	否	否	否	否	是	否	否
JabRef	是	是	是	否	否	是	否	否	否
KBibTeX	實驗性質	實驗性質	是	?	是	是	否	否	否
Mendeley	是	是	是	否	否	否	否 （自2021年3月15日起逐步取消）[10]	否 （自2021年3月15日起逐步取消）[10]	否
Paperpile	是	是	是	是	否 （需要Chromium）	否 （需要Chromium）	是[11]	是[12]	否
Papers	是	是	否	是	否	否	是	是	是
Pybliographer	部份[c]	部份[c]	是	?	是	是	否	否	否
refbase	是	是	是	?	是	是	否	否	否
RefDB	是	是	是	?	是	是	否	否	否
RefWorks[13]	是	是	否	是	是	?	否	?	否
Wikindx	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用	不適用
Zotero	是	是	是	僅Intel平台	否	是	是	第三方[14]	否

輸出檔案格式

本表列出了可從參考資料管理器匯出的機器可讀檔案格式。這些格式通常用於與其他參考資料管理器或使用參考資料管理器的其他人共享資料。要從一個程式向另一個程式交換資料，第一個程式必須能夠匯出為第二個程式可以匯入的格式。匯入檔案格式見下表。

軟體	BibTeX	Endnote/Refer（英語：refer (software)）/BibIX	Medline	MODS XML（英語：Metadata Object Description Schema）	RIS（英語：RIS (file format)）	其它支援類型
Bebop	是	否	否	否	否	unAPI（英語：unAPI）
BibBase	是	否	否	否	否	無
BibDesk	是	否	是	是	是	Endnote XML，使用者可自訂
BibSonomy	是	是	否	否	是	多種格式[15]
Bookends	是	是	是	否	是	多種使用者自訂格式
Citavi	是	是	是	是	是	NVivo及其他多種軟體
EndNote	是	是	是	否	是	多種格式[16]
JabRef	是	是	否	是	是	BibTeXML、DocBook、HTML、用於OOo的ODF、RTF、SQL 資料庫、使用者自訂
KBibTeX	是	是	否	依情況[d]	是	PDF、PostScript、HTML、XML、RTF
Mendeley	是	是	否	否	是	XML章節附註
Paperpile	是	否	否	否	是	CSV、JSON
Papers	是	是	否	否	是	None
Pybliographer	是	是	是	否	否	Ovid（英語：Ovid Technologies）
refbase	是	是	否	是	是	COinS（英語：COinS）、用於OOo的ODF、通過SRU（英語：Search/Retrieve via URL）的SRW（英語：Search/Retrieve Web Service）XML、unAPI（英語：unAPI）、Word XML
RefDB	是	是	否	是	是	通過SRU（英語：Search/Retrieve via URL）網路服務的SRW（英語：Search/Retrieve Web Service）XML、DocBook、TEI
RefWorks	是	是	否	是	是	RIS、BibTeX、Tab delimited or XML metadata
Wikindx	是	是	否	否	是	COinS（英語：COinS）、HTML、PubMed、RTF
Zotero	是	是	從4.0版起[17]	是	是	COinS（英語：COinS）、Csv、多個RDF格式標準、TEI、維基百科引文模板、Endnote XML、CSL JSON、Refer/BiblX、RefWorks標籤

輸入檔案格式

下表列出了無需連接特定資料庫即可手動匯入參考文獻管理器的檔案格式。許多資料庫公司使用的檔案格式名稱與其資料庫名稱相同（包括Copac（英語：Copac）、CSA（英語：Cambridge Scientific Abstracts）、ISI、MEDLINE、Ovid、PubMed和SciFinder）。有關從特定資料庫（而非檔案格式）檢索引文的功能，請參閱本表下方的資料庫連接表。

截至2021年1月 (2021-01)^[update]，任何參考資料管理系統都不支援CSL YAML^[18]。

軟體	BibTeX	Copac（英語：Copac）	CSA（英語：Cambridge Scientific Abstracts）	EndNote/ Refer（英語：refer (software)）/BibIX	ISI	MEDLINE	MODS XML（英語：Metadata Object Description Schema）	Ovid（英語：Ovid Technologies）	PubMed	RIS（英語：RIS (file format)）	SciFinder	其它支援格式
Bebop	是	否	否	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibBase	是	否	否	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibDesk	是	是	否	是	是	是	是	否	是	是	是	MARC、JSTOR、Reference Miner
BibSonomy	是	否	否	是	否	否	否	否	否	否	否	Firefox瀏覽器書籤
Bookends	是	是	是	是	是	是	否	是	是	是	是	多種使用者自訂格式
Citavi	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	多種格式
EndNote	否	否	是	是	是	是	否	是	是	是	是	多種格式[19]
JabRef	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	BibTexML、Biomail、Inspec（英語：Inspec）、JSTOR、MSBib、帶有XMP注釋的PDF、REPEC（英語：Research Papers in Economics）、SilverPlatter（英語：SilverPlatter）、SixPack
KBibTeX	是	否	否	是	否	否	依情況[d]	否	是	是	否	無
Mendeley	是	否	否	是	否	否	否	否	否	是	否	瀏覽器書籤
Paperpile	是	否	否	是	是	是	否	否	是	是	否	PDF、MARC
Papers	是	否	否	是	否	否	否	否	是	是	否	PDF
Pybliographer	是	否	否	是	是	是	否	是	否	否	否	無
refbase	是	是	是	是	是	是	是	否	是	是	是	RefWorks（英語：RefWorks）
RefDB	是	是[d]	否	是[d]	是[d]	是	是	否	是	是	是[d]	MARC, risx
RefWorks	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	是	多種格式[20]
Wikindx	是	否	否	是	否	否	否	是	是	否	否	BibReX LaTeX
Zotero	是	否[e]	否[e]	是	是	是	是	是	是	是	否	COinS（英語：COinS）、MARC、RDF、unAPI（英語：unAPI）、瀏覽器書籤、Endnote XML、其它格式[21]

支援的引文格式

軟體	APA	Chicago/Turabian（英語：A Manual for Writers of Research Papers, Theses, and Dissertations）	Harvard	MLA（英語：MLA_Handbook#MLA_Style_Manual）	其它格式	擴充模式
Bebop	否	否	否	否	否	否
BibBase	是	否	否	否	否	否
BibDesk	是	是	是	是	多種格式[22]	BibTeX樣式檔案（使用面向CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23]）或BibDesk匯出模板[22]
BibSonomy	是	否	是	否	否	否
Bookends	是	是	是	是	多種格式	?
Citavi	是	是	是	是	多種格式[24]	Citavi格式（通過GUI），包括條件和可程式化組件[24]；與LaTeX一起使用時，可使用BibTeX或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）（使用用於CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23]）
EndNote	是	是	是	是	多種格式[16]	EndNote格式（通過GUI）[16]
JabRef	是	是	是	是	多種格式	BibTeX樣式檔案或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）（使用用於CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23])
KBibTeX	是	是	是	是	多種格式	BibTeX樣式檔案（使用用於CSL的Pandoc§CiteProc（英語：Pandoc#CiteProc）[23])
Mendeley	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL[25]
Paperpile	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL[25]
Papers	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL、BibTeX或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）與LaTeX一起使用[26]
Pybliographer	是	否	否	否	無	Pybliographer XML
refbase	是	是	是	是	各種極地和海洋期刊	PHP
RefDB	是	是	是	是	21種生物醫學和法律期刊[27]	XML（citestylex.dtd）、互動式指令碼
RefWorks	是	是	是	是	多種格式	RefWorks格式（通過GUI）[28]；CSL[25]
Wikindx	是	是	是	是	ABNT, BMJ, IEEE	Wikindx格式（通過GUI）
Zotero	是	是	是	是	多種格式[25]	CSL[25]；與LaTeX一起使用時，可使用BibTeX或BibLaTeX（英語：Biber (LaTeX)）[29]

參考列表檔案格式

Endnote與LaTeX不相容。

軟體	HTML	LaTeX[f]	RTF	Plain text（英語：Plain text）	RSS	其它格式
Bebop	是	否	否	否	是	unAPI（英語：unAPI）
BibBase	是	否	否	否	是	否
BibDesk	是	是	是	是	是	Atom、DOC、PDF、XML
BibSonomy	是	否	是	是	是	CSV
Bookends	是	否	是	是	否	剪貼簿
Citavi	是	是[g]	是	是	否	剪貼簿, DOC, ODT, PDF, HTML
EndNote	是	否	是	是	否	剪貼簿, XML
JabRef	是	是	是	是	否	剪貼簿
KBibTeX	是	否	是	否	否	PDF、PostScript
Mendeley	是	是[h]	是	是	是	剪貼簿、可嵌入的HTML部件、RSS
Paperpile	是	是	是	是	否	剪貼簿
Papers	是	否	否	否	否	PDF
Pybliographer	是	?	否	是	否	否
refbase	是	是	是	是	是	Markdown、PDF、unAPI（英語：unAPI）
RefDB	是	?	是	是	否	DocBook, TEI
RefWorks	是	否	是	是	否	DOC, ODT
Wikindx	是	是	是	否	是	通過BibUtils外掛程式實現多重功能
Zotero	是	可通過外掛程式實現[31]	是	可通過外掛程式實現[32]	是	剪貼簿

與文書處理器的整合

一些參考文獻管理軟體支援在Word處理程式（英語：Word processor program）中自動嵌入和（重新）格式化參考文獻。本表列出了Microsoft Word、Pages、Apache OpenOffice / LibreOffice Writer、LaTeX編輯器Kile和LyX以及Google Docs的此類支援。其他程式能夠掃描RTF或其他文字格式，以尋找隨後格式化的插入預留位置。大多數參考文獻管理程式都支援將參考文獻複製/貼上或拖放到任何文字編輯器中，但在此不作介紹。

軟體	Windows版Word	Mac版Word	線上版Word	Pages	Apache OpenOffice / LibreOffice	Kile/LyX	Google Docs	RTF scan[i]	其它
Bebop	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibBase	否	否	否	否	否	否	否	否	無
BibDesk	否	否	否	否	否	是	否	是	使用者自訂指令碼
BibSonomy	否	否	否	否	否	否	否	否	無
Bookends	是	是	否	是	是	否	否	是	Mellel（英語：Mellel）、Nisus（英語：Nisus Writer）
Citavi	是	是	否	否	僅適用於6.0之前的版本	是[33]	否	僅適用於6.0之前的版本	LaTeX編輯器Texmaker、TeXnicCenter（英語：TeXnicCenter）、TeXstudio、TeXworks（英語：TeXworks）、WinEdt、WinShell（英語：WinShell）
EndNote	是	是	否	是	否[34]	否	否	是	否
JabRef	是[35]	?	?	?	是[36]	是	否	?	Emacs、Texmaker、TeXstudio、Vim、WinEdt
KBibTeX	否	?	?	?	否	是	否	?	無
Mendeley	是	部份[j]	是[37]	否	是	否	否	?	NeoOffice
Paperpile	是	是	否	否	否	否	是	否	否
Papers	是	是	是[38]	是[39]	是	否	是	否	Manuscripts app、Scrivener（英語：Scrivener (software)）、Ulysses（英語：Ulysses (text editor)）
Pybliographer	否	?	?	?	是	是	否	?	無
refbase	否	?	?	?	是[40]	否	否	是	PIRA、MediaWiki、SPIP（英語：SPIP）
RefDB	否	?	?	?	否	否	否	否	無
RefWorks	是	是	否	否	否	否	是	是	無
Wikindx	否	否	否	否	否	否	否	否	整合式所見即所得文書處理器（HTML和RTF輸出）
Zotero	是	是	否	否	是	(與LyZ）[41]	是	是	多種格式[42]

資料庫連接性

本表列出了參考資料管理器可以匯入的學術資料庫和搜尋引擎（英語：List of academic databases and search engines）。在某些情況下，可以直接在參考資料管理器中進行搜尋和檢索。在其他情況下，小書籤或Firefox擴充程式將允許對網站進行抓取（英語：Data_scraping#Screen_scraping）。

軟體	ArXiv	CiteSeer	IEEE Xplore	PubMed	Unpaywall（英語：OurResearch#Unpaywall）[k]	其它
Bebop	否	否	否	否	否	否
BibBase	否	否	否	否	否	DBLP、Zotero、BibSonomy（英語：BibSonomy）、Mendeley
BibDesk	是	是	否	是	否	ACM、JSTOR、DBLP、Google Scholar、Web of Science、任何Z39.50（英語：Z39.50）或Entrez等。
BibSonomy	是	是	是	是	否	多種格式[43]
Bookends	是	否	否	是	否	Web of Science、亞馬遜、谷歌學術、Z39.50（英語：Z39.50）
Citavi	是	是	是	是	否	WorldCat/OCLC、Ovid Technologies（英語：Ovid Technologies）、EBSCO Industries（英語：EBSCO Industries）、ProQuest、Web of Science、Z39.50（英語：Z39.50）(4500+線上資源)、SRU（英語：Search/Retrieve via URL）。根據要求還將添加更多目錄。瀏覽器外掛程式（Firefox、Chrome、Internet Explorer）支援DOI尋找、ISBN尋找、PubMed ID尋找、PMCID尋找、arXiv ID尋找、COinS（英語：COinS）以及從維基百科匯入。.
EndNote	是	否	是	是	否	多種格式[44]任何Z39.50（英語：Z39.50）
JabRef	是	是	是	是	是[45]	ACM、Crossref、DBLP、DOAJ（英語：Directory of Open Access Journals）、DOI、GVK、Google Scholar、INSPIRE-HEP（英語：INSPIRE-HEP）、MEDLINE、MathSciNet、Astrophysics Data System、Springer Publishing（英語：Springer Publishing）和Zentralblatt MATH
KBibTeX	是	是	是	是	否	BibSonomy（英語：BibSonomy）、CiteBase、CSB（英語：Collection of Computer Science Bibliographies）、DBLP、Google Scholar、ScienceDirect、INSPIRE-HEP（英語：INSPIRE-HEP）、Z MATH、Z39.50（英語：Z39.50）
Mendeley	是	是	是	是	否	多種格式[46]
Paperpile	是	否	是	是	是	Google Scholar, INSPIRE-HEP（英語：INSPIRE-HEP）, ACM, Jstor, Web of Science
Papers	是	否	是	是	否	微軟學術、谷歌學術
Pybliographer	否	否	否	是	否	無
refbase	是	否	否	是	否	DOI查詢
RefDB	是	否	否	是	否	任何Z39.50（英語：Z39.50）
RefWorks	否	否	否	是	否	多種格式
Wikindx	否	否	否	是	否	谷歌學術索引元資料
Zotero	是	是	是	是	是[47]	多種格式[48]

密碼「保護」和網路版本

有些參考管理器提供網路功能（N/A，不可用，表示產品沒有網路功能，而「否」表示產品有網路功能，但缺乏已實施的功能）。輕型目錄訪問協定（LDAP）是一種開放的、供應商中立的行業標準應用層，用於通過網際協定（IP）網路訪問和維護分散式目錄服務。^[49]

軟體	密碼	LDAP	聯網
			特定使用者權限[l]	同時寫入訪問
Bebop	否	?	不適用	不適用
BibBase	不適用	?	不適用	不適用
BibDesk	是	?	否	否
BibSonomy	是	?	是	是
Bookends	?	?	?	?
Citavi	是[m]	?	是	是
EndNote	是	?	否[n]	否[n]
JabRef	否	?	否	部份
KBibTeX	否	?	不適用	不適用
Mendeley	是[o]	?	是	是
Paperpile	是[p]	?	是	是
Papers	是	?	是	是[50]
Pybliographer	?	?	?	?
refbase	是	?	是	是
RefDB	是	?	是	是
RefWorks	是	?	?	是
Wikindx	是	是	是	是
Zotero	是[q]	?	是	是

已停用軟體

軟體	開發者	首次公開發行	最新穩定版發布日期	最新穩定版本	費用（美元）	自由軟體	許可	備註
Biblioscape（英語：Biblioscape）	CG Information	1997	2015-06-22	10.0.3.6	US$79-299[a]	否	專有	ODBC；專業版中的網路訪問；可選的客戶端/伺服器；已停用？
Bibus（英語：Bibus）	Bibus開發者	2004-06-03	已停用	1.5.1	免費	是	GNU GPL
CiteULike（英語：CiteULike）	Oversity Limited	2004-11	於2019-03-30關閉[51]		免費	否	Proprietary[r]	中央代管網站
colwiz（英語：colwiz）	colwiz Ltd	2011	2016-05-09		免費 / 線上免費儲存空間最高達3GB / 可提供額外儲存空間	否	專有	現在與wizdom.ai合併
Qiqqa（英語：Qiqqa）	Qiqqa	2010-04	2020-10-04	v80	免費	是	GNU GPL	從2020年底開始開放原始碼
Reference Manager（英語：Reference Manager）	湯森路透	1984	2010	12.0.3	不再出售，2015年12月31日停止銷售	否	專有	網路版；內建網路發布工具；已停用
Referencer（英語：Referencer）	Referencer開發者	2008-03-15	已停用	1.2.2	免費	是	GNU GPL	BibTeX前端
RefME（英語：RefME）	RefME	2014	2017年關閉		免費	否	專有	網路、iOS和安卓；提供Chrome和Safari擴充；已停用
SciRef（英語：SciRef）	Scientific Programs	2012	2020-07-30	1.6.2	US$38.90 / 免費試用版	否	專有
Sente	Third Street Software, Inc.	2004	2017年關閉	6.7.9	US$60–80[a] / 免費提供給不超過 100 個參考資料的圖書館	否	專有	桌上型電腦和iPad，集中備份/同步；已停用
WizFolio	WizPatent	2008-06	2017年關閉	Avatara	US$25 / 免費基本版	否	專有	中央代管網站；已停用
Papyrus	Research Software Design	1991年之前	1997	7.0.17 for DOS/Windows and 8.0.12 for Mac OS	免費	是	未知	自2004年1月起免費