腸道菌群

腸道菌群^[1][2]（gut flora）或腸道菌相^[3]，又稱腸道菌群系^[4][5]（gut microbiome）、腸道菌區系^[6]（gut microbiota），是定居於腸道中的細菌或真菌等正常菌群^[7]（normal flora）及其所生活的環境。腸道菌群通過影響食物消化吸收、調控機體免疫和維護腸黏膜屏障，參與維持人體功能和腸道內環境的穩定。

大腸桿菌（Escherichia coli）是人體腸道多個細菌物種的其中一種。

關於生態學的群系，請見「生物群系」。

關於人類全身的菌群，請見「人類微生物群系」。

腸道菌群包括人類及人類以外動物（含昆蟲）的消化道內生存的微生物複雜群落^[8]。腸道宏基因組（metagenome）是腸道微生物群（英語：Microbiota）的所有基因組的聚集體^[9]。在人體內，腸道是人類微生物群系中的一個利基生態位^[10][11]。

腸道菌群的功能

當1995年腸道菌群研究起步時，學界認為其具有三大關鍵功能：直接防禦病原體、通過促進腸道上皮發育與維持並誘導抗體產生來增強宿主防禦能力，以及代謝食物中難以消化的化合物。後續研究揭示了其在免疫系統發育訓練中的作用，而更深入的研究則聚焦於其在腸-腦軸中的功能。腸道微生物群不僅影響腸道健康，還通過"腸-肺軸"機制參與全身免疫調節，包括與肺部免疫環境的相互作用。

與一般商業上應用單一物種的益生菌相比，人類腸道微生物的生物多樣性一旦降低，會影響其宿主的消化功能^[8]。所以現時有研究利用多種益生菌的活生物製劑去模擬腸道菌群的多樣性^[8]，以加強益生菌對人體的功效。人體內的細菌種類多達3萬種^[12]、數量約100兆^[13]至1000兆^[12]。

腸道微生物群參與消化及免疫調節，並通過腸-腦軸線發揮作用——短鏈脂肪酸和神經遞質等微生物代謝物可通過該途徑影響大腦功能與行為。腸-腦軸是指胃腸道與中樞神經系統之間的生化信號傳導系統，該定義現已擴展至包含腸道菌群在交互中的作用。學界有時使用"微生物組-腦軸"這一術語來明確強調腸道菌群參與的調控機制。廣義的腸-腦軸涵蓋：中樞神經系統、神經內分泌與神經免疫系統（包括下視丘-垂體-腎上腺軸/HPA軸）、自主神經系統的交感與副交感分支（含腸神經系統）、迷走神經以及腸道微生物群落。

不同年齡中的腸道菌群

透過陰道分娩的嬰兒腸道微菌叢和媽媽腸道以及陰道微菌叢是相似的，在斷奶後嬰兒腸道微菌叢的組成會開始變得比較像成人腸道內的微菌叢，且嬰兒腸道微菌叢會在此時快速並多元化的發展，這種快速發展腸道微菌叢的現象大約會在1～5歲時變得比較趨緩一些，這時期的兒童腸道微菌叢雖然沒有像成人腸道微菌叢有那麼多樣化的種類，但比起嬰兒時期卻會變得更穩定，也會發展出更多能夠幫助生理正常運作的菌種，像是可以生產丁酸鹽(butyrate)的菌種就可以調節免疫功能。當兒童成長到青少年前期(preadolescence, 7～12歲)，腸道內微菌叢數會漸漸趨近成人的數量，但細菌的菌種會稍微有些不同，相較成年人，青少年前期會發展出更多能夠幫助葉酸(folate)以及維他命B₁₂合成的菌種（嬰兒體內也會有較多能合成葉酸的菌種），而當人們成年時，腸道微菌叢的優勢菌種才會變成前一段落中提到的厚壁菌門和擬桿菌門，即便如此，每個人腸道內的微菌叢還是相當不同的且獨特的。到了老年期，腸道微菌叢多樣性會下降，同時也會變得比較不穩定，這種現象被認為與老年人的免疫力下降是具有相關性的。 ^[14]