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3D Slicer
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3D Slicer是開源的跨平台醫學影像視覺化和三維重建軟體。由美國國家衛生院和全球開發者社群的支援下開發。 [2]
它被廣泛用於多種醫療用途,包括自閉症、多發性硬化症、全身性紅斑狼瘡、前列腺癌、肺癌、乳腺癌、思覺失調症、骨科、生物力學、慢性阻塞性肺病、心血管疾病和神經外科。[3]
關於 3D Slicer
3D Slicer是一個免費的開源軟體(基於BSD授權條款),用於影像分析、影像視覺化以及影像導引放射治療(Image Guided Radiotherapy,IGRT),可被用於Linux、MacOSX和windows等作業系統,它具有相當良好的可擴充性,可以透過嵌入模組的方式添加新的功能。
3D Slicer適用於查看全身各個組織的器官,相容於核磁共振造影(MRI)、電腦斷層掃描(CT)、超音波(US)以及顯微鏡下的影像。 [4]
3D Slicer支援二維多平面重建,可以用 3D 的形式將器官以不同的角度進行切割來查看不同的切面,並可結合核磁共振造影(MRI)的數據,讓醫師可以對危險程度較高的手術進行更多的事前模擬。[5]
3D Slicer的功能包括:[6]
- 處理DICOM格式的影像,並支援讀取/寫入其他種類的格式
- 支援多邊形網格、二維多平面重建以及立體渲染的視覺化
- 手動編輯影像
- 自動進行影像分割
- 擴散張量磁振造影(Diffusion Tensor Imaging,DTI)的數據分析和視覺化。
3D Slicer以BSD授權條款發佈。雖然該許可證在學術及商業用途上沒有任何限制,但是使用者有責任在遵守當地法規的情況下使用,而3D Slicer目前尚未獲得美國FDA正式批准於臨床上使用。
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作業系統要求
圖片集
歷史
3D Slicer最初是由MIT的研究生David Gering於1998年和1999年提出的,當時3D Slicer被作為布萊根婦女醫院的外科計劃實驗室與MIT人工智慧實驗室之間的碩士學位論文的一部分。[8] 四年後,3D Slicer 2於2002年發佈,可以透過FTP伺服器免費取得,當時已有數千次的下載量。2007年,3D Slicer於版本3進行了全面的改造。而3D Slicer於2009年開始下一個主要重構,它將3D Slicer採用的GUI套件從KWWidgets轉換為Qt。採用Qt的3D Slicer 4於2011年發布。[9]
用戶
3D Slicer已被用於多種臨床研究中。在影像導引放射治療(Image Guided Radiotherapy,IGRT)的研究中,3D Slicer常被用於建立和視覺化MRI數據,這些數據在手術前和手術中均可用,並可取得用於儀器跟蹤的空間坐標。[10] 實際上,3D Slicer在影像導引放射治療中已經發揮了舉足輕重的作用,自1998年以來已有200多家出版物在文獻中引用了3D Slicer。[11]
除了從MRI影像中生成3D模型外,3D Slicer還被用於顯示從fMRI中獲得的訊息、[12] DTI(diffusion tractography) [13]和心電圖。[14] 例如,3D Slicer允許DTI影像的轉換和分析。分析的結果可以與MRI,MR血管造影和fMRI的分析結果結合。3D Slicer的其他用途包括古生物學的研究[15]和神經外科手術計劃。[16]
開發人員
3D Slicer建立在VTK環境中,VTK是一種跨平台的圖形應用函式庫,已廣泛用於科學視覺化和ITK(Insight Segmentation and Registration Toolkit)中,ITK是一種廣泛用於開發影像分割和圖像配准的框架。在3D Slicer 4中,程式的核心是使用C ++開發而成,並且可以通過Python程式使用該API ,界面使用Qt來開發,可以使用C ++或Python進行擴充。[17]
3D Slicer支援使用輕量級的XML規範包裝任何語言的CLI程式,從中自動生成圖形使用者介面(GUI)。
對於未在3D Slicer核心程式中發佈的模組,可以使用系統自動建立和分發,以便用戶從3D Slicer中進行選擇並下載。
3D Slicer在建立過程會利用CMake自動建立必備和可選的程式庫(不包括Qt)。
參見
參考文獻
外部連結
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