پیفم
From Wikipedia, the free encyclopedia
پیفَـم (انگلیسی: Pfam) که در انگلیسی برگرفته از عبارت «Protein families» است، یک پایگاه داده از خانوادههای پروتئین است که حاوی توصیف و توضیحنویسی و همچنین همترازسازی چند توالی است که با استفاده از مدل پنهان مارکوف ایجاد شدهاست.[1][2][3] جدیدترین نسخهٔ پیفَـم، نسخهٔ ۳۳٫۱ است که در ماه مه ۲۰۲۰ میلادی بهروزرسانی شد و ۱۸٬۲۵۹ خانوادهٔ پروتئینی را در بر میگیرد.[4]
اطلاعات اجمالی محتوا, توضیح ...
محتوا | |
---|---|
توضیح | ارائهٔ همترازسازیها و مدلهای پنهان مارکوف برای دومِـینهای پروتئین |
گونههای دادههای گرفتهشده | خانوادههای پروتئین |
ارگانیسمها | تمامی جانداران |
تماس | |
مرکز پژوهش | مؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا |
استناد ابتدایی | PMID 19920124 |
دسترسی | |
قالب دادهها | قالب استکهلم |
وبگاه | pfam |
نشانی اینترنتی دریافت | FTP 1 FTP 2 |
گوناگون | |
پروانه | گنو الجیپیال |
نسخه | ۳۳٫۱ |
نهادهای قابل بوکمارک | بله |
بستن
پژوهشگران با مراجعه به پیفَـم میتوانند برای هر خانوادهٔ پروتئینی، این موارد را ببینند:
- توصیف هر خانوادهٔ پروتئینی
- مشاهدهٔ همترازسازی چند توالی
- دیدن ساختار دومین پروتئین
- بررسی توزیع گونهای
- ردگیری و تعقیب پیوندها به سایر پایگاههای داده
- مشاهدهٔ ساختمانهای شناختهشدهٔ پروتئینها