Il a consacré une partie importante de ses travaux à la vie et à la pensée du philosophe Pierre Bayle (1647-1706)[6] ainsi qu'à la vie et à l'œuvre de l'homme de lettres La Beaumelle (1726-1773). Il aborde la question des rapports entre le protestantisme et la culture du point de vue de l'articulation entre la croyance et la pensée. Cette approche implique de prêter une attention particulière aux questions herméneutiques – statut et interprétation des textes bibliques, pratiques de lecture, d'écriture et d'édition –, aux questions philosophiques – place de la raison dans la réflexion sur la foi, fonctions de la critique et du doute dans le discours religieux, circulation européenne des idées et rôle du Refuge huguenot – et aux questions politiques – statut des Églises vis-à-vis des pouvoirs, questions de la tolérance civile et de la liberté de conscience dans des périodes de persécution et de clandestinité («Églises du Désert»). Il travaille donc sur les grands courants de doctrine et de pensée de l'époque moderne, mais s'intéresse aussi à des sources longtemps jugées secondaires, notamment les sermons et les écrits de spiritualité, les périodiques savants ou non et différents corpus épistolaires.
Ouvrages
Babel. Du texte au symbole, (Le Monde de la Bible), Genève: Labor et Fides, 1985.
Pierre Bayle et la religion, (Philosophies 48), Paris: PUF, 1994.
Un «intellectuel» avant la lettre: le journaliste Pierre Bayle. L'actualité religieuse dans les Nouvelles de la République des Lettres (1684-1687), (Études de l'Institut Pierre Bayle 23), Amsterdam/Maarssen: APA/Holland University Press, 1994.
Théologie et histoire. Au croisement des discours, (Passages), Paris/Genève: Cerf/Labor et Fides, 1999.
Protestantisme, (Dossiers de l'Encyclopédie du protestantisme), Genève: Labor et Fides, 2000 (en collaboration avec Jean Baubérot).
Ces Messieurs de la R.P.R. Histoires et écritures de huguenots, XVIIe–XVIIIe siècles, (Vie des huguenots 18), Paris: Champion, 2001.
Pierre Bayle, Paris: Fayard, 2006. (Ouvrage couronné par le Prix XVIIesiècle.)
Pierre Bayle historien, critique et moraliste, (Bibliothèque de l'École des hautes études – Sciences religieuses 129), Turnhout: Brepols, 2006.
Bayle et la «normalité» religieuse, (Verbatim), Presses de l'Université Laval, 2007.
Bayle calviniste libertin, Paris: Champion, 2021.
Collectifs et direction d'ouvrages
Genèse et enjeux de la laïcité, (Le Champ éthique), Genève: Labor et Fides, 1990.
Entre Désert et Europe, le pasteur Antoine Court (1695-1760), (Vie des huguenots 3), Paris: Champion, 1998 (en collaboration avec C. Lauriol).
«Port-Royal et les protestants». Actes du colloque de Montpellier, Chroniques de Port-Royal 47, Paris Bibliothèque Mazarine, 1998 (en collaboration avec C. Belin, C. Lauriol, A. McKenna et L. Thirouin).
Pierre Bayle, citoyen du monde. De l'enfant du Carla à l'auteur du «Dictionnaire», (Vie des huguenots 4), Paris: Champion, 1999 (en collaboration avec Ph. de Robert).
Refuge et Désert. L'évolution théologique des huguenots de la Révocation à la Révolution française, (Vie des huguenots 28), Paris: Champion, 2003 (en collaboration avec C. Lauriol).
Bayle historien et critique de la philosophie. Actes du colloque de Belo Horizonte, 22-. Kriterion, Revista da Faculdade de Filosofia da Universidade de Minas Gerais 120 (2009) (en collaboration avec J. Maia Neto).
Les «Éclaircissements» de Pierre Bayle. Édition des «Éclaircissements» du Dictionnaire historique et critique et études, (Vie des huguenots 53), Paris: Champion, 2010 (en collaboration avec A. McKenna).
Le Rayonnement de Bayle, (SVEC 2010:06), Oxford: Voltaire Foundation, 2010 (en collaboration avec Ph. de Robert et C. Pailhès).
Énoncer / dénoncer l'autre. Discours et représentations du différend confessionnel à l'époque moderne, (Bibliothèque de l'École des Hautes Études – Sciences religieuses 151), Turnhout: Brepols, 2012 (en collaboration avec C. Bernat).
Éditions de textes ou de sources
Correspondance générale de La Beaumelle (1726-1773). Oxford: Voltaire Foundation (18 tomes prévus): t. I: 1726-1747 (2005); t. II: – (2006); t. III: – (2007); t. IV: – (2008); t. V: – (2009); t. VI: – (2010); t. VII: – (2011); t. VIII: – (2012); t. IX: – fin (2013); t. X: – (2014); t. XI: janvier – (2015); t. XII: – (2016); t. XIII: – (2017); t. XIV: – (2018); t. XV: – (2019); t. XVI: – (2021); t. XVII: – (2022); t. XVIII: – (à paraître). En codirection avec C. Lauriol et H. Angliviel de La Beaumelle. Cette édition a reçu le prix Édouard-Bonnefous de l'Institut de France en 2013.
En collaboration avec E. Labrousse †, A. McKenna et al.: Correspondance de Pierre Bayle, Oxford: Voltaire Foundation (15 tomes prévus): t. II: – (2001); t. III: – fin 1683 (2004); t. IV: janvier – (2005); t. V: – (2007); t. VI: – fin (2008); t. VII: – (2009); t. VIII: – (2010); t. IX: – (2012); t. X: – (2013); t. XI: – (2014).
Pierre Bayle, Pensées diverses sur la comète, Paris: GF, 2007 (avec J. Bost).
Le consistoire de l'Église wallonne de Rotterdam, 1681-1706. Édition annotée des Actes et présentation historique, (Vie des huguenots 40), Paris: Champion, 2008.
La Beaumelle, Deux traités sur la tolérance: L'Asiatique tolérant (1748) – Requête des protestants français au roi (1763), (Vie des huguenots 61), Paris: Champion, 2012.
Court de Gébelin, Les Toulousaines (1763). Introduction et édition critique avec un dossier de correspondances relatives à la genèse, à l’élaboration et à la réception de l’ouvrage, (Vie des huguenots 97), Paris: Champion, 2023.
Document sonore
«Protestantismes et culture», Canal-U, 11 min, , en ligne.
Jean Bernier, «Quelques développements de l'historiographie sur Bayle», La Lettre clandestine 2013/21: Déismes et déistes à l'âge classique, p.305-318.
Patrick Cabanel, «Hubert Bost», in Patrick Cabanel et André Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, tome 1: A-C, Les Éditions de Paris Max Chaleil, Paris, 2015, p.403-404(ISBN978-2846211901)