Stop kodon

Stop kodon ili terminacijski kodon – u genetici – je nukleotidni triplet u iRNK koji signalizira terminaciju translacije u proteinima.^[1] Većina kodona iRNK odgovara dodavanju odgovarajuće aminokiseline u rastući polipeptidni lanac, koji u konačnici može postati protein. Stop kodoni signaliziraju prekid ovog procesa vezinjem faktora oslobađanja, koji uzrokuje disocijaciju ribosomskih podjedinica, oslobađajući lanac aminokiselina. Dok su za startni kodon potrebne obližnje sekvence ili faktori inicijacije za započinjanje translacije, sam stop kodon dovoljan je za pokretanje terminacije.

Stop kodon (crvena tačka) mitohondrijske DNK čovjeka, MT-ATP8 gen i startni kodon (plavi krug) gena MT-ATP6.
Za svaki triplet nukleotida (uglaste zagrade) data je odgovarajuća aminokiselina (kôd s jednim slovom), bilo u +1 okviru za čitanje za MT-ATP8 (crveno) ili u +3 okviru za MT-ATP6 (plavo). U ovom genomskom području, dva gena se preklapaju.

Svojstva

Standardni kodoni

U standardnom genetičkom kodu postoje tri različita terminacijska kodona:

Kodon		Standardni kod (Translacijska tabla 1)		Ime
DNK	RNK
TAG	UAG	STOP = Ter (*)		"Amber"
TAA	UAA	STOP = Ter (*)		"Oker"
TGA	UGA	STOP = Ter (*)		"Opal" (ili "Umber")

Alternativni stop kodoni

Postoje varijacije standardnog genetičkog koda, a alternativne stop kodoni nađeni su u mitohondrijskim genomimas vertebrata,^[2] Scenedesmus obliquus,^[3] i Thraustochytrium.^[4]

Alternativni stop kodoni i poređenje sa standardnim genetičkim kodom

Genetički kod	Translacijska tabla	Kodon		Translacija sa ovim kodom				Standardna translacija
		DNK	RNK
Mitohondrijski vertebrata	2	AGA	AGA	STOP = Ter (*)				Arg (R)
		AGG	AGG	STOP = Ter (*)				Arg (R)
Mitohondrijski Scenedesmus obliquus	22	TCA	UCA	STOP = Ter (*)				Ser (S)
Mitohondrijski Thraustochytrium	23	TTA	UUA	STOP = Ter (*)				Leu (L)

Biohemijska svojstva aminokiselina

Nenpolarne

Polarne

Bazne

Kisele

Terminacija: stop kodon

Prenamijenjeni stop kodoni

Nuklearni genetički kod je fleksibilan što je prikazano varijantnim genetičkim kodovima koji standardne zaustavne kodone odgovaraju aminokiselinama.^[5]

Uvjetni stop kodoni i poređenje sa standardnim genetičkim kodom

Genetički kod	Translacijska tabla	Kodon		Uvjetna translacija				Standardna translacija
		DNK	RNK
Karioreliktni njedarni	27	TGA	UGA	Ter (*)	or	Trp (W)		Ter (*)
Jedarni Condylostoma	28	TAA	UAA	Ter (*)	or	Gln (Q)		Ter (*)
		TAG	UAG	Ter (*)	or	Gln (Q)		Ter (*)
		TGA	UGA	Ter (*)	or	Trp (W)		Ter (*)
Jedarni Blastocrithidia	31	TAA	UAA	Ter (*)	or	Glu (E)		Ter (*)
		TAG	UAG	Ter (*)	or	Glu (E)		Ter (*)

Translacija

U 2007., UGA kodon je identificiran kao kodon koji kodira selenocistein (Sec) i pronađen je u 25 [selenoprotein]-a smještenih na aktivnom mjestu proteina. Prevođenje ovog kodona omogućeno je blizinom SECIS elementa (SElenoCysteine Incorporation Sequence)^[6] Na sličan način, kodon UAG može se prevesti u pirolizin (Pyl)

Također pogledajte

• Genetički kod
• Startni kodon